STONEBERG HOLT, Sierra Dawn, Lucie HOROVÁ a Petr BUREŠ. Indel patterns of the plastid DNA trnL-trnF region within the genus Poa (Poaceae). Journal of Plant Research. Tokyo: Springer-Verlag Tokyo, roč. 117, č. 5, s. 393-407. ISSN 0918-9440. 2004.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Indel patterns of the plastid DNA trnL-trnF region within the genus Poa (Poaceae)
Název česky Indelové paterny trnL-trnF regionu plastidové DNA v rámci rodu Poa (Poaceae)
Autoři STONEBERG HOLT, Sierra Dawn (840 Spojené státy, garant), Lucie HOROVÁ (203 Česká republika) a Petr BUREŠ (203 Česká republika).
Vydání Journal of Plant Research, Tokyo, Springer-Verlag Tokyo, 2004, 0918-9440.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek v odborném periodiku
Obor 10600 1.6 Biological sciences
Stát vydavatele Japonsko
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
WWW URL
Impakt faktor Impact factor: 1.224
Kód RIV RIV/00216224:14310/04:00010417
Organizační jednotka Přírodovědecká fakulta
UT WoS 000224761200008
Klíčová slova anglicky Indel patterns; infrageneric variability; Poa; Poaceae; trnL intron; trnL-trnF IGS
Štítky Indel patterns, infrageneric variability, Poa, Poaceae, trnL intron, trnL-trnF IGS
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnil: prof. RNDr. Petr Bureš, Ph.D., učo 2635. Změněno: 25. 6. 2009 11:20.
Anotace
The use of insertion/deletion (indel) patterns from sequences of the trnL intron and trnL-F intergenic spacer (IGS) in finding plastid genome types of the genus Poa L. was studied. New sequences for 23 taxa (P. alpina, P. badensis, P. bulbosa, P. crassipes, P. molinerii, P. annua, P. chaixii, P. granitica, P. pratensis, P. sibirica, P. remota, P. botryoides, P. cenisia, P. compressa, P. laxa, P. margilicola, P. media, P. nemoralis, P. palustris, P. pannonica, P. pirinica, P. riphaea, and P. sejuncta) and 18 previously published sequences, which represent 11 of the 13 sections listed for Poa in Flora Europaea, were investigated. Indel patterns, despite sampling less than 0.7 % of the plastid genome, produced four taxa groupings that were congruent with the major divisions obtained in intensive, previously published restriction site studies. Insertion/deletion events in the trnL intron and trnL-trnF IGS were in nearly all cases unique to a single pattern group and thus provided almost no information about relationships among these groups. Indels did, however, provide a meaningful infrageneric classification criterion for Poa. They can serve as useful tools in studying relationships within this genus.
Anotace česky
Pro klasifikaci skupin taxonů z rodu Poa s různými typy plastidových genomů byly použity indely (inzerce/delece) z trnL intronu a trnL-trnF mezigenového spaceru (IGS). V rámci 11 z 13 sekcí rodu Poa prezentovaných ve díle Flora Europaea bylo nově sekvencováno celkem 23 taxonů (P. alpina, P. badensis, P. bulbosa, P. crassipes, P. molinerii, P. annua, P. chaixii, P. granitica, P. pratensis, P. sibirica, P. remota, P. botryoides, P. cenisia, P. compressa, P. laxa, P. margilicola, P. media, P. nemoralis, P. palustris, P. pannonica, P. pirinica, P. riphaea, and P. sejuncta) a dále 18 sekvencí, dostupných z databáze NCBI. Sekvenční paterny indelů, zahrnující méně než 0.7 % plastidového genomu, potvrdily čtyři skupiny taxonů, již dříve vymezené na základě restrikční analýzy celé plastidové DNA. Zjištěné indely byly téměř vždy unikátní pro danou skupinu a nebylo je proto možné využít k posouzení vzájemné příbuznosti skupin. Byly však užitečné pro infragenerickou klasifikaci rodu Poa.
Návaznosti
MSM 143100010, záměrNázev: Časoprostorová dynamika biodiverzity v ekosystémech střední Evropy.
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Časoprostorová dynamika biodiverzity v ekosystémech střední Evropy
VytisknoutZobrazeno: 28. 3. 2024 19:04