Gene expression in colorectal carcinoma determined by cDNA microarrays using a combination of several evaluation approaches.

JANSOVÁ, Eva; Petr KRONTORÁD; Zbyněk SVOBODA; Irena KOUTNÁ; Tomáš PAVLÍK; Michal KOZUBEK; Marie JAROŠOVÁ; Jan ŽALOUDÍK a Stanislav KOZUBEK. Gene expression in colorectal carcinoma determined by cDNA microarrays using a combination of several evaluation approaches. In Biophysics of the Genome. First Edition 2004. Brno: Masaryk University, 2004, s. 29-37. ISBN 80-210-3560-9.

Základní údaje

Originální název

Gene expression in colorectal carcinoma determined by cDNA microarrays using a combination of several evaluation approaches.

Název česky

Exprese genů u kolorektálního karcinomu určená pomocí cDNA mikročipů užitím kombinace několika vyhodnocovacích postupů

Autoři

JANSOVÁ, Eva; Petr KRONTORÁD; Zbyněk SVOBODA; Irena KOUTNÁ; Tomáš PAVLÍK; Michal KOZUBEK; Marie JAROŠOVÁ; Jan ŽALOUDÍK a Stanislav KOZUBEK

Vydání

First Edition 2004. Brno, Biophysics of the Genome, od s. 29-37, 9 s. 2004

Nakladatel

Masaryk University

---

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Stať ve sborníku

Obor

Genetika a molekulární biologie

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Označené pro přenos do RIV

Ano

Kód RIV

RIV/00216224:14330/04:00009700

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

ISBN

80-210-3560-9

Klíčová slova anglicky

microarrays

Štítky

microarrays

Příznaky

Mezinárodní význam

---

Anotace

V originále

We have compared colorectal carcinoma tissues with parallel samples of epithelial tissue and identified, by means of Human 1.7K cDNA microarrays, a set of genes with significantly altered expression in 12 patients. We used a combination of several approaches of microarray data analysis to be sure that the results were reliable. Although we have found differences between the results obtained by various image analysis software packages and using different statistical tools, we have identified the group of 22 genes with significantly altered expression in colorectal carcinoma tissue as compared with epithelial tissue using all evaluation approaches. Hierarchical clustering showed the possibility of dividing the patients into two groups according to the presence of metastases in regional lymph nodes. We have proposed 6 genes as potential markers for the detection of the presence of regional metastases in patients. We suppose that the proposed advance in the analysis of microarray data could lead to easier, quicker and more effective diagnostics of various diseases dependent on changes in the expression profile.

Česky

Exprese genů u kolorektálního karcinomu určená pomocí cDNA mikročipů užitím kombinace několika vyhodnocovacích postupů.

---

Návaznosti

AV0Z5004920, záměr	Název: Biofyzikální vlastnosti živých systémů a jejich změny vlivem faktorů vnějšího prostředí
GA202/02/0804, projekt VaV	Název: Určení radiačního rizika pro vznik chronické myeloidní leukémie na základě měření vzdáleností mezi geny ABL a BCR v hematopoietických buňkách Investor: Grantová agentura ČR, Určení radiačního rizika pro vznik chronické myeloidní leukémie na základě měření vzdáleností mezi geny ABL a BCR v hematopoietických buňkách
GA202/04/0907, projekt VaV	Název: Cytometrie s vysokým rozlišením na živých buňkách Investor: Grantová agentura ČR, Cytometrie s vysokým rozlišením na živých buňkách
IAA5004306, projekt VaV	Název: Struktura lidského genomu Investor: Akademie věd ČR, Struktura lidského genomu
KSK5052113, projekt VaV	Název: Struktura, exprese a interakce genomu
ME 565, projekt VaV	Název: Struktura a funkce interfázních chromosomů
MSM 143300002, záměr	Název: Využití počítačové analýzy obrazu v optické mikroskopii Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Využití počítačové analýzy obrazu v optické mikroskopii
NC6987, projekt VaV	Název: Epigeneticky kontrolované změny exprese genů u nádorových onemocnění Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Epigeneticky kontrolované změny exprese genů u nádorových onemocnění