D 2004

Automated image analysis in fluorescence microscopy: From isolated cells to tissues and microarray images

KOZUBEK, Michal; Petr MATULA; Pavel MATULA; David SVOBODA; Jan HUBENÝ et. al.

Základní údaje

Originální název

Automated image analysis in fluorescence microscopy: From isolated cells to tissues and microarray images

Název česky

Automatizovaná analýza obrazu ve fluorescenční mikroskopii: Od izolovaných buněk k obrazům tkání a mikročipů

Autoři

Vydání

First Edition 2004. Brno, Biophysics of the Genome, od s. 44-46, 3 s. 2004

Nakladatel

Masaryk University

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Stať ve sborníku

Obor

20200 2.2 Electrical engineering, Electronic engineering, Information engineering

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Kód RIV

RIV/00216224:14330/04:00009701

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

ISBN

80-210-3560-9

Klíčová slova anglicky

Image Analysis

Štítky

Příznaky

Mezinárodní význam
Změněno: 3. 6. 2010 15:53, doc. RNDr. Pavel Matula, Ph.D.

Anotace

ORIG CZ

V originále

Laboratory of Optical Microscopy has been working on the automation of image analysis in fluorescence microscopy since mid-1990s. At that time mostly 2D image analysis of FISH stained cell nuclei was explored. The images contained isolated cells (such as blood cells) that did not form many clusters and, therefore, image segmentation (the most difficult part of image analysis) was quite easy to automate. Later on 3D images of FISH (or immunofluorescence) stained cell nuclei acquired in confocal mode were dealt with. Also in this case the cell nuclei were well separated from each other, however somewhat blurred in axial direction due to the inferior resolution along z-axis. Also for this case automated methods have been developed including algorithms for the computation of a mathematical model of cell (or cell nucleus) boundary in 3D. At the end of 1990s the necessity of tissue image analysis arose. In this area, fully automated image segmentation is not possible, hence the effort has been concentrated on semi-automatic approaches with minimal user interaction. Recently, also the demand of processing in vivo image series (of separated cells) has appeared, so automated object tracking algorithms have been investigated. Finally, our laboratory has started to produce also images of microarray slides, which are a special type of fluorescence microscopy images. For this type of images, completely new image processing methods are being developed that try to find grids as well as spots in an automated way. The presentation will be an overview of image analysis methods used in our laboratory for processing of the above-mentioned types of image data.

Česky

Automatizovaná analýza obrazu ve fluorescenční mikroskopii: Od izolovaných buněk k obrazům tkání a mikročipů.

Návaznosti

GA202/02/0804, projekt VaV
Název: Určení radiačního rizika pro vznik chronické myeloidní leukémie na základě měření vzdáleností mezi geny ABL a BCR v hematopoietických buňkách
Investor: Grantová agentura ČR, Určení radiačního rizika pro vznik chronické myeloidní leukémie na základě měření vzdáleností mezi geny ABL a BCR v hematopoietických buňkách
GA202/04/0907, projekt VaV
Název: Cytometrie s vysokým rozlišením na živých buňkách
Investor: Grantová agentura ČR, Cytometrie s vysokým rozlišením na živých buňkách
IAA5004306, projekt VaV
Název: Struktura lidského genomu
Investor: Akademie věd ČR, Struktura lidského genomu
IBS5004010, projekt VaV
Název: Vývoj nových diagnostických technik pro onkologii
Investor: Akademie věd ČR, Vývoj nových diagnostických technik pro onkologii
MSM 143300002, záměr
Název: Využití počítačové analýzy obrazu v optické mikroskopii
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Využití počítačové analýzy obrazu v optické mikroskopii
NC6987, projekt VaV
Název: Epigeneticky kontrolované změny exprese genů u nádorových onemocnění
Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Epigeneticky kontrolované změny exprese genů u nádorových onemocnění