Restrikční mapování genomů blízce příbuzných spirochet rodu Treponema

STROUHAL, Michal a David ŠMAJS. Restrikční mapování genomů blízce příbuzných spirochet rodu Treponema. In Sborník abstraktů XIII. konference mladých mikrobiologů Tomáškovy dny 2004. 2004. vyd. Brno: Lékařská fakulta MU. s. 16 - 17. 2004.

Základní údaje

• Originální název: Restrikční mapování genomů blízce příbuzných spirochet rodu Treponema
• Název česky: Restrikční mapování genomů blízce příbuzných spirochet rodu Treponema
• Název anglicky: Restriction mapping of closely related spirochetes of the genus Treponema
• Autoři: STROUHAL, Michal (203 Česká republika) a David ŠMAJS (203 Česká republika, garant).
• Vydání: 2004. vyd. Brno, Sborník abstraktů XIII. konference mladých mikrobiologů Tomáškovy dny 2004, od s. 16 - 17, 2 s. 2004.
• Nakladatel: Lékařská fakulta MU

Další údaje

• Originální jazyk: čeština
• Typ výsledku: Stať ve sborníku
• Obor: Genetika a molekulární biologie
• Stát vydavatele: Česká republika
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• Kód RIV: RIV/00216224:14110/04:00012105
• Organizační jednotka: Lékařská fakulta
• Klíčová slova anglicky: Treponema pallidu; restriction mapping
• Štítky: restriction mapping, Treponema pallidu

Anotace

Na základě kompletní sekvence genomu T. pallidum subsp. pallidum (Fraser a kol., 1998) bylo vymezeno 81 oblastí (TPI intervaly) v rámci celého genomu T. pallidum subsp. pallidum a pro každou oblast byla navržena kombinace příslušných primerů. Každý z těchto intervalů byl amplifikován pomocí XL PCR a PCR produkty byly štěpeny restrikčními enzymy BamH I, EcoR I a Hind III (nebo Spe I, Xba I a Xho I). Takto získaný profil byl použit k determinaci heterologních úseků DNA jednotlivých treponemálních kmenů. Heterologní oblasti budou dále sekvenovány a charakterizovány. Velikost amplifikovaných oblastí byla mezi 1778 bp (TPI76) a 27138 bp (TPI62). Doposud byl získán restrikční profil 32 oblastí (33 % genomu) u studovaných treponemálních kmenů. Pouze u jedné z těchto oblastí (TPI48) byl zjištěn rozdíl ve velikosti amplifikovaného PCR produktu u T. paraluiscuniculi oproti zbývajícím treponemálním kmenům. Jedná se o deleci o velikosti přibližně 1 kb. Interval TPI48 je dlouhý 11460 bp a zahrnuje 10 genů (nifS-1, nifU, rpiA, tprI, tprJ, dniR a čtyři kódující oblasti o neznámé funkci). U zbývajících 31 oblastí byl nalezen pouze odlišný restrikční profil. Tyto výsledky naznačují vysokou míru sekvenční homologie mezi vyšetřenými kmeny.

Anotace anglicky

Genomes of T. pallidum subsp. pallidum and closely related treponemes were amplified using XL PCR and digested with BamH I, EcoR I a Hind III (or Spe I, Xba I a Xho I). Genetic differences were identified and discussed.

Návaznosti

• GA310/04/0021, projekt VaV: Název: Postgenomické studie syfilitické spirochety Treponema pallidum

Investor: Grantová agentura ČR, Postgenomické studie syfilitické spirochety Treponema pallidum

• NI7351, projekt VaV: Název: Komparativní genomika patogenních spirochet rodu Treponema: cesta k sekvenčně specifické diagnostice

Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Komparativní genomika patogenních spirochet rodu Treponema: cesta k sekvenčně specifické diagnostice