MATĚJKOVÁ, Petra a David ŠMAJS. Komparativní genomika patogenních poddruhů Treponema pallidum. In Abstrakta 47. Studentské vědecké konference. 2003. vyd. Brno: Lékařská fakulta MU, 2003. s. 15 - 16, 1 s.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Komparativní genomika patogenních poddruhů Treponema pallidum
Název česky Komparativní genomika patogenních poddruhů Treponema pallidum
Název anglicky Comparative genomics of pathogenic Treponema pallidum subspecies
Autoři MATĚJKOVÁ, Petra (203 Česká republika) a David ŠMAJS (203 Česká republika, garant).
Vydání 2003. vyd. Brno, Abstrakta 47. Studentské vědecké konference, od s. 15 - 16, 1 s. 2003.
Nakladatel Lékařská fakulta MU
Další údaje
Originální jazyk čeština
Typ výsledku Stať ve sborníku
Obor Genetika a molekulární biologie
Stát vydavatele Česká republika
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
Kód RIV RIV/00216224:14110/03:00012308
Organizační jednotka Lékařská fakulta
Klíčová slova anglicky comparative genomics; Treponema pallidum
Štítky comparative genomics, Treponema pallidum
Změnil Změnil: prof. MUDr. David Šmajs, Ph.D., učo 1116. Změněno: 31. 5. 2005 10:23.
Anotace
As a result of DNA microarray comparisons, 25 genes (13 with stronger and 6 with weaker signal in pertenue strains and 6 control genes with similar signal in both subspecies examined) were selected and sequenced. Altogether, 24083 nucleotides (2.12% of the genome) were sequenced in 3 pertenue strains and control Nichols. No region of extensive sequence heterogeneity was detected. However, 15 different single nucleotide polymorfisms (SNP) were identified: 3 SNPs in Gauthier strain, 14 in Samoan D and 15 SNPs in CDC-2. Ten (out of 15) SNPs cause amino acid changes. SNPs common for all pertenue strains as well as SNPs specific for each individual strain will allow to use these nucleotide polymorfisms to design sequence specific PCR diagnostics of these strains.
Anotace anglicky
As a result of DNA microarray comparisons, 25 genes (13 with stronger and 6 with weaker signal in pertenue strains and 6 control genes with similar signal in both subspecies examined) were selected and sequenced. Altogether, 24083 nucleotides (2.12% of the genome) were sequenced in 3 pertenue strains and control Nichols. No region of extensive sequence heterogeneity was detected. However, 15 different single nucleotide polymorfisms (SNP) were identified: 3 SNPs in Gauthier strain, 14 in Samoan D and 15 SNPs in CDC-2. Ten (out of 15) SNPs cause amino acid changes. SNPs common for all pertenue strains as well as SNPs specific for each individual strain will allow to use these nucleotide polymorfisms to design sequence specific PCR diagnostics of these strains.
Návaznosti
NI7351, projekt VaVNázev: Komparativní genomika patogenních spirochet rodu Treponema: cesta k sekvenčně specifické diagnostice
Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Infekční choroby, mikrobiologie, epidemiologie a imunologie
VytisknoutZobrazeno: 19. 2. 2020 23:33