ŠMAJS, David, Petra MATĚJKOVÁ, SJ NORRIS a GM WEINSTOCK. Transcriptome of Treponema pallidum: gene expression profile during experimental rabbit infection. CHEMICKÉ LISTY, Praha: Česká společnost chemická, 2003, roč. 2003, č. 97, s. 311. ISSN 0009-2770.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Transcriptome of Treponema pallidum: gene expression profile during experimental rabbit infection
Název česky Transcriptom Treponema pallidum: expresní profilování během experimentální infekce králíků
Autoři ŠMAJS, David (203 Česká republika, garant), Petra MATĚJKOVÁ (203 Česká republika), SJ NORRIS (840 Spojené státy americké) a GM WEINSTOCK (840 Spojené státy americké).
Vydání CHEMICKÉ LISTY, Praha, Česká společnost chemická, 2003, 0009-2770.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek v odborném periodiku
Obor Genetika a molekulární biologie
Stát vydavatele Česká republika
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
Impakt faktor Impact factor: 0.345
Kód RIV RIV/00216224:14110/03:00012310
Organizační jednotka Lékařská fakulta
UT WoS 000227191600037
Klíčová slova anglicky transcriptome; Treponema pallidum; gene expression profiling
Štítky gene expression profiling, transcriptome, Treponema pallidum
Změnil Změnil: prof. MUDr. David Šmajs, Ph.D., učo 1116. Změněno: 31. 5. 2005 10:03.
Anotace
DNA microarray technology was utilized to study gene expression by the syphilis spirochete Treponema pallidum subsp. pallidum (Nichols) during infection of rabbits. Microarrays containing all 1039 annotated ORFs of Treponema pallidum subspecies pallidum (Nichols) were printed on glass slides. For 1034 ORFs (out of 1039), signals higher than the threshold (average of negative control spots + 3 SDs) were detected for both RNA and DNA probes. Total RNA from T. pallidum isolated from rabbit testes 10 days post infection was labeled and standardized by cohybridization of the same arrays with treponemal chromosomal DNA labeled with a different fluorescent marker. This internal standardization technique proved to be highly reproducible and to decrease the impact of variables such as host nucleic acid contamination or variable target DNA lengths. The most highly transcribed genes were found to correlate with the most conspicuous spots identified by two dimensional gel electrophoresis, indicating that the transcript levels generally corresponded to the relative protein concentrations. Genes with high transcript concentrations included those encoding flagellar filament and cytoplasmic filament proteins, prominent lipoproteins and membrane proteins, chaperonins, proteins involved in red-ox balance, chemotaxis regulatory proteins, a V-ATPase operon, and certain metabolic enzymes such as glycolytic pathway enzymes. Independent quantitation of the expression of 84 T. pallidum genes using real-time RT-PCR approach yielded a high degree of correlation (r = 0.94). Characterization of the T. pallidum transcriptome during experimental infection provides further insight into the importance of gene expression levels in the survival and pathogenesis of this bacterium in the mammalian host.
Anotace česky
Anotace česky: Byl vyšetřen transkriptom Treponema pallidum během experimentální infekce králíků pomocí DNA microarray čipů obsahujících všech 1039 anotovaných ORF. Geny Treponema pallidum byly rozděleny do skupin podle úrovně transkripce.
Návaznosti
NI7351, projekt VaVNázev: Komparativní genomika patogenních spirochet rodu Treponema: cesta k sekvenčně specifické diagnostice
Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Infekční choroby, mikrobiologie, epidemiologie a imunologie
VytisknoutZobrazeno: 10. 12. 2019 22:32