MATĚJKOVÁ, Petra, David ŠMAJS, SJ NORRIS a GM WEINSTOCK. Comparative genomics of pathogenic Treponema pallidum subspecies. CHEMICKÉ LISTY, Praha: Česká společnost chemická, 2003, roč. 2003, č. 97, s. 297-298. ISSN 0009-2770.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Comparative genomics of pathogenic Treponema pallidum subspecies
Název česky Komparativní genomika patogenních poddruhů Treponema pallidum
Autoři MATĚJKOVÁ, Petra (203 Česká republika), David ŠMAJS (203 Česká republika, garant), SJ NORRIS (840 Spojené státy americké) a GM WEINSTOCK (840 Spojené státy americké).
Vydání CHEMICKÉ LISTY, Praha, Česká společnost chemická, 2003, 0009-2770.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek v odborném periodiku
Obor Genetika a molekulární biologie
Stát vydavatele Česká republika
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
Impakt faktor Impact factor: 0.345
Kód RIV RIV/00216224:14110/03:00012312
Organizační jednotka Lékařská fakulta
Klíčová slova anglicky comparative genomics; Treponema pallidum
Štítky comparative genomics, Treponema pallidum
Změnil Změnil: prof. MUDr. David Šmajs, Ph.D., učo 1116. Změněno: 31. 5. 2005 10:12.
Anotace
DNA of Treponema pallidum subsp. pallidum Nichols strain was compared to DNA isolated from three different strains of T. pallidum subsp. pertenue (strain Gauthier, Samoan D, CDC-2). As a result of DNA microarray comparisons, 25 genes (13 with stronger and 6 with weaker signal in pertenue strains and 6 control genes with similar signal in both subspecies examined) were selected and sequenced. Altogether, 24083 nucleotides (2.12% of the genome) were sequenced in 3 pertenue strains and control Nichols. No region of extensive sequence heterogeneity was detected. However, 15 different single nucleotide polymorfisms (SNP) were identified: 3 SNPs in Gauthier strain, 14 in Samoan D and 15 SNPs in CDC-2. Ten (out of 15) SNPs cause amino acid changes. SNPs common for all pertenue strains as well as SNPs specific for each individual strain will allow to use these nucleotide polymorfisms to design sequence specific PCR diagnostics of these strains.
Anotace česky
Byly vyšetřeny kmeny Treponema pallidum subsp. pallidum (původce syfilis) a T. pallidum subsp. pertenue (původce yaws) pomocí DNA-microarray techniky a genomového sekvenování. Zjištěné rozdíly byly diskutovány v kontextu současných poznatků.
Návaznosti
NI7351, projekt VaVNázev: Komparativní genomika patogenních spirochet rodu Treponema: cesta k sekvenčně specifické diagnostice
Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Infekční choroby, mikrobiologie, epidemiologie a imunologie
VytisknoutZobrazeno: 14. 12. 2019 09:02