2003
Comparative genomics of pathogenic Treponema pallidum subspecies
MATĚJKOVÁ, Petra, David ŠMAJS, SJ NORRIS a GM WEINSTOCKZákladní údaje
Originální název
Comparative genomics of pathogenic Treponema pallidum subspecies
Název česky
Komparativní genomika patogenních poddruhů Treponema pallidum
Autoři
MATĚJKOVÁ, Petra (203 Česká republika), David ŠMAJS (203 Česká republika, garant), SJ NORRIS (840 Spojené státy) a GM WEINSTOCK (840 Spojené státy)
Vydání
CHEMICKÉ LISTY, Praha, Česká společnost chemická, 2003, 0009-2770
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Článek v odborném periodiku
Obor
Genetika a molekulární biologie
Stát vydavatele
Česká republika
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Impakt faktor
Impact factor: 0.345
Kód RIV
RIV/00216224:14110/03:00012312
Organizační jednotka
Lékařská fakulta
Klíčová slova anglicky
comparative genomics; Treponema pallidum
Změněno: 31. 5. 2005 10:12, prof. MUDr. David Šmajs, Ph.D.
V originále
DNA of Treponema pallidum subsp. pallidum Nichols strain was compared to DNA isolated from three different strains of T. pallidum subsp. pertenue (strain Gauthier, Samoan D, CDC-2). As a result of DNA microarray comparisons, 25 genes (13 with stronger and 6 with weaker signal in pertenue strains and 6 control genes with similar signal in both subspecies examined) were selected and sequenced. Altogether, 24083 nucleotides (2.12% of the genome) were sequenced in 3 pertenue strains and control Nichols. No region of extensive sequence heterogeneity was detected. However, 15 different single nucleotide polymorfisms (SNP) were identified: 3 SNPs in Gauthier strain, 14 in Samoan D and 15 SNPs in CDC-2. Ten (out of 15) SNPs cause amino acid changes. SNPs common for all pertenue strains as well as SNPs specific for each individual strain will allow to use these nucleotide polymorfisms to design sequence specific PCR diagnostics of these strains.
Česky
Byly vyšetřeny kmeny Treponema pallidum subsp. pallidum (původce syfilis) a T. pallidum subsp. pertenue (původce yaws) pomocí DNA-microarray techniky a genomového sekvenování. Zjištěné rozdíly byly diskutovány v kontextu současných poznatků.
Návaznosti
| NI7351, projekt VaV |
|