D 2005

Analysis of biomedical image data acquired using optical microscopy

KOZUBEK, Michal, Pavel MATULA, Petr MATULA a David SVOBODA

Základní údaje

Originální název

Analysis of biomedical image data acquired using optical microscopy

Název česky

Analýza biomedicínských dat pořízených na optickém mikroskopu

Autoři

KOZUBEK, Michal (203 Česká republika, garant), Pavel MATULA (203 Česká republika), Petr MATULA (203 Česká republika) a David SVOBODA (203 Česká republika)

Vydání

Prague, Czech Republic, Prague Post Genome Technology Workshop, od s. 24-27, 4 s. 2005

Nakladatel

Czech Pattern Recognition Society

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Stať ve sborníku

Obor

20200 2.2 Electrical engineering, Electronic engineering, Information engineering

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Kód RIV

RIV/00216224:14330/05:00012538

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

ISBN

80-01-03239-6

Klíčová slova anglicky

optical microscope; image analysis; image reconstruction; image registration

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 7. 5. 2010 09:11, prof. RNDr. Michal Kozubek, Ph.D.

Anotace

V originále

Our laboratory specialized in the analysis of biomedical images acquired using optical microscopes (Laboratory of Optical Microscopy - LOM) has been gradually evolving since 1997. It is a highly professional interdisciplinary workplace, where experts in informatics, mathematics, physics, molecular biology, and medicine successfully collaborate. The laboratory is equipped both for the biomedical material preparation for microscopy (especially cell component staining with fluorescent dyes) and for automated optical microscopy. Concerning automated microscopy, it is equipped with Zeiss Axiovert inverted fluorescence microscope with CARV confocal unit, motorized components for the x, y, z stage movement and the optical filter change, a special camera for fluorescence microscopy (Roper Scientific) and a control two-processor computer. A unique device for automated micro-axial tomography, developed in collaboration with colleagues from Heidelberg, is also available. Overnight acquisition and image analysis is possible in automated mode. The equipment described above is unique in the world and patented in the Czech Republic. It allows processing of a considerably higher and statistically more significant amount of cell material than other systems in other laboratories.

Česky

Laboratoř optické mikroskopie (LOM), která je zaměřená na analýzu biomedicínských dat získaných z optického mikroskopu, se vyvíjí již od roku 1997. Je to prostředí, v němž se setkávají a úzce spolupracují lidé z různých vědních oborů jako informatika, matematika, fyzika, molekulární biologie a lékařství. Laboratoř je vybavena jak pro přípravu biomedicínských vzorků, tak rovněž nabízí možnost automatizovaného snímání. Součástí technického vybavení je také unikátní zařízení pro mikroaxiální tomografii, které bylo vyvinuto ve spolupráci s partnerským pracovištěm v Heidelbergu (Německo). Technické prostředky laboratoře umožňují zpracování výrazně většího množství buněčného materiálu než jiné systémy provozované v jiných laboratořích.

Návaznosti

GA202/04/0907, projekt VaV
Název: Cytometrie s vysokým rozlišením na živých buňkách
Investor: Grantová agentura ČR, Cytometrie s vysokým rozlišením na živých buňkách
IAA5004306, projekt VaV
Název: Struktura lidského genomu
Investor: Akademie věd ČR, Struktura lidského genomu
MSM0021622419, záměr
Název: Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy