Analýza proteomu polyvalentního fága

D 2005

Analýza proteomu polyvalentního fága

EYER, Luděk; Zbyněk ZDRÁHAL; Hana KONEČNÁ; Roman PANTŮČEK; Vladislava RŮŽIČKOVÁ et. al.

Základní údaje

Originální název

Analýza proteomu polyvalentního fága

Název anglicky

Analysis of staphylococcal polyvelent phage proteome

Autoři

EYER, Luděk; Zbyněk ZDRÁHAL; Hana KONEČNÁ; Roman PANTŮČEK; Vladislava RŮŽIČKOVÁ; Jan PREISLER; L. HERNYCHOVÁ a Jiří DOŠKAŘ

Vydání

KARTPRINT Bratislava, Študentská vedecká konferencia, s. 25-25, 2005

Nakladatel

Prírodovedecká fakulta Univerzity Komenského v Bratislave

Další údaje

Jazyk

čeština

Typ výsledku

Stať ve sborníku

Obor

Genetika a molekulární biologie

Stát vydavatele

Slovensko

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Kód RIV

RIV/00216224:14310/05:00012633

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

ISBN

80-88870-46-1

Klíčová slova anglicky

bacteriophages; MALDI-TOF; SDS-PAGE; phage therapy; proteomics; genomics

Štítky

bacteriophages, genomics, MALDI-TOF, phage therapy, proteomics, SDS-PAGE

Změněno: 26. 1. 2006 10:37, prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr.

Anotace

ORIG EN

V originále

Úvod: Bakteriofág 812 je virulentní a polyvalentní fág z čeledi Myoviridae (obr. 1), který se vyznačuje širokým rozmezím hostitelů zahrnujícím řadu druhů rodu Staphylococcus. Tyto vlastnosti z něj činí vhodného kandidáta pro fágovou terapii stafylokokových infekcí. Genomem fága 812 je lineární dvouřetězcová DNA o velikosti cca 145 kbp. Modul zahrunující strukturní geny vykazuje podobnou organizaci a vysoký stupeň homologie se strukturními moduly stafylokokových fágů K a Twort a s listeriovým fágem A511 (obr. 2). Tato práce byla zaměřena na analýzu proteomu fága 812 a jeho srovnání s příbuznými fágy U16, SK311 a Twort s cílem identifikovat strukturní a lytické proteiny, které mají vztah k jejich odlišnému rozmezí hostitele. Metody: Propagace fága 812 na kmeni S. aureus SA812, purifikace fágových částic v gradientu CsCl, dialýza proti vodě, odstranění fágové DNA pomocí DNázy I, separace fágových proteinů pomocí 1D a 2D SDS-PAGE, barvení gelů pomocí Coomassie Brilliant Blue G-250 nebo stříbra, identifikace proteinů metodou peptidového mapování s využitím MALDI-TOF hmotností spektrometrie a LC MS/MS. Kprohledávání byla použita proteinová databáze vzniklá překladem dostupných úseků DNA fága 812 a proteinová databáze blízce příbuzných fágů K a Twort. Výsledky: Pomocí 1D a 2D SDS-PAGE bylo nalezeno cca 40 proteinů o velikosti ~10 - 150 kDa (obr. 3). Proteinové profily fágů 812, Twort, SK311 a U16 se vzájemně podobají. Byly prokázány rozdíly v molekulové hmotnosti proteinů bičíkové pochvy fágů 812, SK311 a U16, které se významně liší svým rozmezím hostitele (obr. 4). Peptidovým mapováním bylo identifikováno 13 proteinů fága 812 a 3 proteiny fága Twort. Tři z nich byly určeny jako hlavní kapsidový protein (mcp, obr. 5), portálový protein a protein bičíkové pochvy (mtsp). Dalších 8 proteinů lze pravděpodobně zařadit do skupiny strukturních proteinů. Zbývajícím dvěma nalezeným proteinům nebyla tímto způsobem přiřazena žádná funkce (tab. 1 a 2). Všechny tyto proteiny vykazují vysokou sekvenční podobnost s odpovídajícími proteiny polyvalentních stafylokokových fágů K, Twort a také s fágy A511 Listeria monocytogenes a LP65 Lactobacillus plantarum. Protein bičíkové pochvy se vyskytuje ve dvou rozdílných formách lišících se elektroforetickou mobilitou. Frakce s vyšší molekulovou hmotností (~64 kDa) odpovídá kompletnímu proteinu, zatímco frakce s molekulovou hmotností ~35 kDa představuje fragmenty tohoto proteinu o přibližně stejné hmotnosti. Tyto změny ve struktuře proteinu mohou souviset s kontrakcí bičíkové pochvy, jak bylo pozorováno u fága LP65. Závěr: Vtéto práci byl poprvé charakterizován proteom standardního typu bakteriofága 812. Celkem bylo identifikováno 13 proteinů. V jedenácti případech jde pravděpodobně o strukturní proteiny, ve dvou případech není funkce proteinů známa. Byla vysvětlena neobvyklá migrace hlavního bičíkového proteinu. Rozdíly v rozmezí hostitele příbuzných polyvalentních fágů mohou být podmíněny změnami ve struktuře bičíkových proteinů.

Anglicky

neuvedeno

Návaznosti

GA203/03/0515, projekt VaV

Název: Integrovaná analýza genomu a proteomu terapeuticky významných bakteriofágů kombinací elektroforézy a hmotnostní spektrometrie

Investor: Grantová agentura ČR, Integrovaná analýza genomu a proteomu terapeuticky významných bakteriofágů kombinací elektroforézy a hmotnostní spektrometrie

MSM0021622415, záměr

Název: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

Citovat

EYER, Luděk; Zbyněk ZDRÁHAL; Hana KONEČNÁ; Roman PANTŮČEK; Vladislava RŮŽIČKOVÁ; Jan PREISLER; L. HERNYCHOVÁ a Jiří DOŠKAŘ. Analýza proteomu polyvalentního fága. In Študentská vedecká konferencia. KARTPRINT Bratislava: Prírodovedecká fakulta Univerzity Komenského v Bratislave, 2005, s. 25. ISBN 80-88870-46-1.

@inproceedings{576163,
   author = {Eyer, Luděk and Zdráhal, Zbyněk and Konečná, Hana and Pantůček, Roman and Růžičková, Vladislava and Preisler, Jan and Hernychová, L. and Doškař, Jiří},
   address = {KARTPRINT Bratislava},
   booktitle = {Študentská vedecká konferencia},
   keywords = {bacteriophages; MALDI-TOF; SDS-PAGE; phage therapy; proteomics; genomics},
   language = {cze},
   location = {KARTPRINT Bratislava},
   isbn = {80-88870-46-1},
   pages = {25-25},
   publisher = {Prírodovedecká fakulta Univerzity Komenského v Bratislave},
   title = {Analýza proteomu polyvalentního fága},
   year = {2005}
}

TY  - CONF
ID  - 576163
AU  - Eyer, Luděk - Zdráhal, Zbyněk - Konečná, Hana - Pantůček, Roman - Růžičková, Vladislava - Preisler, Jan - Hernychová, L. - Doškař, Jiří
PY  - 2005
TI  - Analýza proteomu polyvalentního fága
PB  - Prírodovedecká fakulta Univerzity Komenského v Bratislave
CY  - KARTPRINT Bratislava
SN  - 8088870461
KW  - bacteriophages
KW  - MALDI-TOF
KW  - SDS-PAGE
KW  - phage therapy
KW  - proteomics
KW  - genomics
N2  - Úvod: Bakteriofág 812 je virulentní a polyvalentní fág z čeledi Myoviridae (obr. 1), který se vyznačuje širokým rozmezím hostitelů zahrnujícím řadu druhů rodu Staphylococcus. Tyto vlastnosti z něj činí vhodného kandidáta pro fágovou terapii stafylokokových infekcí. Genomem fága 812 je lineární dvouřetězcová DNA o velikosti cca 145 kbp. Modul zahrunující strukturní geny vykazuje podobnou organizaci a vysoký stupeň homologie se strukturními moduly stafylokokových fágů K a Twort a s listeriovým fágem A511 (obr. 2). Tato práce byla zaměřena na analýzu proteomu fága 812 a jeho srovnání s příbuznými fágy U16, SK311 a Twort s cílem identifikovat strukturní a lytické proteiny, které mají vztah k jejich odlišnému rozmezí hostitele. Metody: Propagace fága 812 na kmeni S. aureus SA812, purifikace fágových částic v gradientu CsCl, dialýza proti vodě, odstranění fágové DNA pomocí DNázy I, separace fágových proteinů pomocí 1D a 2D SDS-PAGE, barvení gelů pomocí Coomassie Brilliant Blue G-250 nebo stříbra, identifikace proteinů metodou peptidového mapování s využitím MALDI-TOF hmotností spektrometrie a LC MS/MS. Kprohledávání byla použita proteinová databáze vzniklá překladem dostupných úseků DNA fága 812 a proteinová databáze blízce příbuzných fágů K a Twort. Výsledky: Pomocí 1D a 2D SDS-PAGE bylo nalezeno cca 40 proteinů o velikosti ~10 - 150 kDa (obr. 3). Proteinové profily fágů 812, Twort, SK311 a U16 se vzájemně podobají. Byly prokázány rozdíly v molekulové hmotnosti proteinů bičíkové pochvy fágů 812, SK311 a U16, které se významně liší svým rozmezím hostitele (obr. 4). Peptidovým mapováním bylo identifikováno 13 proteinů fága 812 a 3 proteiny fága Twort. Tři z nich byly určeny jako hlavní kapsidový protein (mcp, obr. 5), portálový protein a protein bičíkové pochvy (mtsp). Dalších 8 proteinů lze pravděpodobně zařadit do skupiny strukturních proteinů. Zbývajícím dvěma nalezeným proteinům nebyla tímto způsobem přiřazena žádná funkce (tab. 1 a 2). Všechny tyto proteiny vykazují vysokou sekvenční podobnost s odpovídajícími proteiny polyvalentních stafylokokových fágů K, Twort a také s fágy A511 Listeria monocytogenes a LP65 Lactobacillus plantarum. Protein bičíkové pochvy se vyskytuje ve dvou rozdílných formách lišících se elektroforetickou mobilitou. Frakce s vyšší molekulovou hmotností (~64 kDa) odpovídá kompletnímu proteinu, zatímco frakce s molekulovou hmotností ~35 kDa představuje fragmenty tohoto proteinu o přibližně stejné hmotnosti. Tyto změny ve struktuře proteinu mohou souviset s kontrakcí bičíkové pochvy, jak bylo pozorováno u fága LP65. Závěr: Vtéto práci byl poprvé charakterizován proteom standardního typu bakteriofága 812. Celkem bylo identifikováno 13 proteinů. V jedenácti případech jde pravděpodobně o strukturní proteiny, ve dvou případech není funkce proteinů známa. Byla vysvětlena neobvyklá migrace hlavního bičíkového proteinu. Rozdíly v rozmezí hostitele příbuzných polyvalentních fágů mohou být podmíněny změnami ve struktuře bičíkových proteinů.
ER  -

EYER, Luděk; Zbyněk ZDRÁHAL; Hana KONEČNÁ; Roman PANTŮČEK; Vladislava RŮŽIČKOVÁ; Jan PREISLER; L. HERNYCHOVÁ a Jiří DOŠKAŘ. Analýza proteomu polyvalentního fága. In \textit{Študentská vedecká konferencia}. KARTPRINT Bratislava: Prírodovedecká fakulta Univerzity Komenského v Bratislave, 2005, s.~25. ISBN~80-88870-46-1.

Přehled o publikaci