Dynamika regulačních enzymů buněčných procesů CDK2 a CDK5
studovaná molekulovou dynamikou

D 2005

Dynamika regulačních enzymů buněčných procesů CDK2 a CDK5 studovaná molekulovou dynamikou

OTYEPKA, Michal, Iveta BÁRTOVÁ, Zdeněk KŘÍŽ a Jaroslav KOČA

Základní údaje

Originální název

Dynamika regulačních enzymů buněčných procesů CDK2 a CDK5 studovaná molekulovou dynamikou

Název česky

Dynamika regulačních enzymů buněčných procesů CDK2 a CDK5 studovaná molekulovou dynamikou

Název anglicky

Dynamics of human CDK2 and CDK5 studied by computer simulations

Autoři

OTYEPKA, Michal (203 Česká republika, garant), Iveta BÁRTOVÁ (203 Česká republika), Zdeněk KŘÍŽ (203 Česká republika) a Jaroslav KOČA (203 Česká republika)

Vydání

Bratislava, ChemZi, od s. 277-277, 1 s. 2005

Nakladatel

Slovenská chemická spoločnosť

Další údaje

Jazyk

čeština

Typ výsledku

Stať ve sborníku

Obor

10403 Physical chemistry

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

ISBN

1336 - 7242

Klíčová slova anglicky

Molecular dynamics; CDK2; CDK5; phosphorylation; regulation mechanism

Štítky

CDK2, CDK5, molecular dynamics, phosphorylation, regulation mechanism

Změněno: 14. 11. 2005 09:37, Mgr. Iveta Bártová, Ph.D.

Anotace

ORIG EN

V originále

Cyklin-dependentní kinázy (CDK) jsou enzymy podílející se na regulaci řady významných buněčných procesů např. buněčného cyklu, apoptózy, diferenciace neuronálních buněk atp. CDK sestvají ze dvou podjednotek, katalytické podjednotky, kinázy a regulační podjednotky, cyklinu. Aktivita těchto enzymů je na molekulární úrovni zvýšena vazbou cyklinu a fosforylací aktivačních míst popř. defosforylací inhibičních míst. Jediný člen rodiny CDK a to CDK5 z tohoto schématu vybočuje, navzdory jeho vysoké homologii (60%) s CDK2 a dalšími enzymy z rodiny CDK. CDK5 není aktivována cyklinem ale regulačním enzymem p35 resp. p39 a navíc je tento komplex plně aktivní a nevyžaduje další aktivaci fosforylací, jako je tomu u ostatních CDK [1-3]. Navíc se ukazuje, že fosforylace v glycinové smyčce (G-smyčce), která je pro CDK2 inhibiční, je pro CDK5 stimulační [4]. Strukturní aspekty regulace fosforylací G-smyky byly nedávno odhaleny molekulovou dynamikou (MD) [5, 6]. O mechanismu aktivace fosforylací v G-smyčce CDK5 nedávno spekuloval v literatue Mapelli a kol. [3] a to zejména s ohledem na vazbu inhibitoru roskovitinu v aktivním místě enzymu. Příspěvek bude diskutovat rozdíly v interakčních energiích inhibitoru s CDK2 resp. CDK5 a dále rozdíly v interakcích mezi CDK a její regulační podjednotkou s cílem pochopit, rozdílný mechanismus regulace CDK5.

Anglicky

Dynamics of human CDK2 and CDK5 studied by computer simulations

Návaznosti

MSM0021622413, záměr

Název: Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím

Citovat

OTYEPKA, Michal, Iveta BÁRTOVÁ, Zdeněk KŘÍŽ a Jaroslav KOČA. Dynamika regulačních enzymů buněčných procesů CDK2 a CDK5 studovaná molekulovou dynamikou. In ChemZi. Bratislava: Slovenská chemická spoločnosť, 2005, s. 277-277. ISBN 1336 - 7242.

@inproceedings{587782,
   author = {Otyepka, Michal and Bártová, Iveta and Kříž, Zdeněk and Koča, Jaroslav},
   address = {Bratislava},
   booktitle = {ChemZi},
   keywords = {Molecular dynamics; CDK2; CDK5; phosphorylation; regulation mechanism},
   language = {cze},
   location = {Bratislava},
   isbn = {1336 - 7242},
   pages = {277-277},
   publisher = {Slovenská chemická spoločnosť},
   title = {Dynamika regulačních enzymů buněčných procesů CDK2 a CDK5 studovaná molekulovou dynamikou},
   year = {2005}
}

TY  - JOUR
ID  - 587782
AU  - Otyepka, Michal - Bártová, Iveta - Kříž, Zdeněk - Koča, Jaroslav
PY  - 2005
TI  - Dynamika regulačních enzymů buněčných procesů CDK2 a CDK5 studovaná molekulovou dynamikou
PB  - Slovenská chemická spoločnosť
CY  - Bratislava
SN  - 1336 7242
KW  - Molecular dynamics
KW  - CDK2
KW  - CDK5
KW  - phosphorylation
KW  - regulation mechanism
N2  - Cyklin-dependentní kinázy (CDK) jsou enzymy podílející se na regulaci řady významných buněčných procesů např. buněčného cyklu, apoptózy, diferenciace neuronálních buněk atp. CDK sestvají ze dvou podjednotek, katalytické podjednotky, kinázy a regulační podjednotky, cyklinu. Aktivita těchto enzymů je na molekulární úrovni zvýšena vazbou cyklinu a fosforylací aktivačních míst popř. defosforylací inhibičních míst. Jediný člen rodiny CDK a to CDK5 z tohoto schématu vybočuje, navzdory jeho vysoké homologii (60%) s CDK2 a dalšími enzymy z rodiny CDK. CDK5 není aktivována cyklinem ale regulačním enzymem p35 resp. p39 a navíc je tento komplex plně aktivní a nevyžaduje další aktivaci fosforylací, jako je tomu u ostatních CDK [1-3]. Navíc se ukazuje, že fosforylace v glycinové smyčce (G-smyčce), která je pro CDK2 inhibiční, je pro CDK5 stimulační [4]. Strukturní aspekty regulace fosforylací G-smyky byly nedávno odhaleny molekulovou dynamikou (MD) [5, 6]. O mechanismu aktivace fosforylací v G-smyčce CDK5 nedávno spekuloval v literatue Mapelli a kol. [3] a to zejména s ohledem na vazbu inhibitoru roskovitinu v aktivním místě enzymu. Příspěvek bude diskutovat rozdíly v interakčních energiích inhibitoru s CDK2 resp. CDK5 a dále rozdíly v interakcích mezi CDK a její regulační podjednotkou s cílem pochopit, rozdílný mechanismus regulace CDK5.
ER  -

OTYEPKA, Michal, Iveta BÁRTOVÁ, Zdeněk KŘÍŽ a Jaroslav KOČA. Dynamika regulačních enzymů buněčných procesů CDK2 a CDK5 studovaná molekulovou dynamikou. In \textit{ChemZi}. Bratislava: Slovenská chemická spoločnosť, 2005, s.~277-277. ISBN~1336~-~7242.

Podrobný výpis o publikaci