2005
Genomová amplifikace a restrikční mapování patogenních spirochet rodu Treponema.
STROUHAL, Michal a David ŠMAJSZákladní údaje
Originální název
Genomová amplifikace a restrikční mapování patogenních spirochet rodu Treponema.
Název anglicky
Genomic amolifications and restriction mapping of pathogenic spirochetes of the genus Treponema.
Autoři
Vydání
Abstrakta 49. Studentské vědecké konference, 2005
Další údaje
Jazyk
čeština
Typ výsledku
Konferenční abstrakt
Obor
Genetika a molekulární biologie
Stát vydavatele
Česká republika
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Označené pro přenos do RIV
Ano
Kód RIV
RIV/00216224:14110/05:00013193
Organizační jednotka
Lékařská fakulta
Klíčová slova anglicky
Treponema pallidum ssp. pallidum; Treponema pallidum ssp. pertenue; Treponema paraluiscuniculi
Štítky
Změněno: 8. 4. 2010 16:12, prof. MUDr. David Šmajs, Ph.D.
V originále
Cíl: Stanovit rozdíly mezi genomy čtyř příbuzných treponemálních kmenů zahrnující T. pallidum subsp. pallidum Nichols, T. pallidum subsp. pallidum SS14, T. pallidum subsp. pertenue Samoan D a T. paraluiscuniculi metodou DNA fingerprintingu. Materiál a metody: Genomy studovaných kmenů byly rozděleny do 94 vzájemně se překrývajících oblastí. Každá z těchto oblastí byla pomocí XL PCR amplifikována a získané PCR produkty byly štěpeny restrikčními enzymy BamH I, EcoR I a Hind III. Byla zjištěna vysoká míra sekvenční homologie mezi vyšetřenými kmeny. Ukazuje to na možnost, že rozdílná virulence treponemálních kmenů je podmíněna relativně malými odlišnostmi v příslušných genomech. Tyto odlišnosti jsou soustředěny zejména ve skupině genů tpr, 12-ti genech specifických pro T. pallidum o zatím neznámé funkci. Identifikovaných nukleotidových záměn lze využít při molekulární identifikaci treponemálních kmenů.
Anglicky
Genomes of closely related treponemes, Treponema pallidum ssp. pallidum (strains Nichols and SS14) and Treponema pallidum ssp. pertenue (Gauthier, Samoan D) were compared with the genome of Treponema paraluiscuniculi using genomic techniques. Whole genome fingerprinting was used to study treponemal genomes. PCR-amplified regions of genomic DNA were digested with BamH I, EcoR I, Hind III, or their combinations. PCR amplification and subsequent restriction analysis of the complete genomes of the strains Nichols, SS14 and Gauthier revealed 1 absent restriction site in SS14 and Gauthier. When compared to Nichols genome, 8 and 34 differences in the target restriction sites and 1 and 8 detectable deletions/insertions were found in the genome of Samoan D and T. paraluiscuniculi, respectively.
Návaznosti
| GA310/04/0021, projekt VaV |
| ||
| MSM0021622415, záměr |
|