Genomová amplifikace a restrikční mapování patogenních spirochet rodu Treponema.

STROUHAL, Michal a David ŠMAJS. Genomová amplifikace a restrikční mapování patogenních spirochet rodu Treponema. In Abstrakta 49. Studentské vědecké konference. 2005.

Základní údaje

• Originální název: Genomová amplifikace a restrikční mapování patogenních spirochet rodu Treponema.
• Název anglicky: Genomic amolifications and restriction mapping of pathogenic spirochetes of the genus Treponema.
• Autoři: STROUHAL, Michal (203 Česká republika) a David ŠMAJS (203 Česká republika, garant).
• Vydání: Abstrakta 49. Studentské vědecké konference, 2005.

Další údaje

• Originální jazyk: čeština
• Typ výsledku: Konferenční abstrakt
• Obor: Genetika a molekulární biologie
• Stát vydavatele: Česká republika
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• Kód RIV: RIV/00216224:14110/05:00013193
• Organizační jednotka: Lékařská fakulta
• Klíčová slova anglicky: Treponema pallidum ssp. pallidum; Treponema pallidum ssp. pertenue; Treponema paraluiscuniculi
• Štítky: Treponema pallidum ssp. pallidum, Treponema pallidum ssp. pertenue, Treponema paraluiscuniculi

Anotace

Cíl: Stanovit rozdíly mezi genomy čtyř příbuzných treponemálních kmenů zahrnující T. pallidum subsp. pallidum Nichols, T. pallidum subsp. pallidum SS14, T. pallidum subsp. pertenue Samoan D a T. paraluiscuniculi metodou DNA fingerprintingu. Materiál a metody: Genomy studovaných kmenů byly rozděleny do 94 vzájemně se překrývajících oblastí. Každá z těchto oblastí byla pomocí XL PCR amplifikována a získané PCR produkty byly štěpeny restrikčními enzymy BamH I, EcoR I a Hind III. Byla zjištěna vysoká míra sekvenční homologie mezi vyšetřenými kmeny. Ukazuje to na možnost, že rozdílná virulence treponemálních kmenů je podmíněna relativně malými odlišnostmi v příslušných genomech. Tyto odlišnosti jsou soustředěny zejména ve skupině genů tpr, 12-ti genech specifických pro T. pallidum o zatím neznámé funkci. Identifikovaných nukleotidových záměn lze využít při molekulární identifikaci treponemálních kmenů.

Anotace anglicky

Genomes of closely related treponemes, Treponema pallidum ssp. pallidum (strains Nichols and SS14) and Treponema pallidum ssp. pertenue (Gauthier, Samoan D) were compared with the genome of Treponema paraluiscuniculi using genomic techniques. Whole genome fingerprinting was used to study treponemal genomes. PCR-amplified regions of genomic DNA were digested with BamH I, EcoR I, Hind III, or their combinations. PCR amplification and subsequent restriction analysis of the complete genomes of the strains Nichols, SS14 and Gauthier revealed 1 absent restriction site in SS14 and Gauthier. When compared to Nichols genome, 8 and 34 differences in the target restriction sites and 1 and 8 detectable deletions/insertions were found in the genome of Samoan D and T. paraluiscuniculi, respectively.

Návaznosti

• GA310/04/0021, projekt VaV: Název: Postgenomické studie syfilitické spirochety Treponema pallidum

Investor: Grantová agentura ČR, Postgenomické studie syfilitické spirochety Treponema pallidum

• MSM0021622415, záměr: Název: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací