Komparativní genomika Treponema pallidum technikou genomové hybridizace na oligonukleotidovém čipu.

MATĚJKOVÁ, Petra a David ŠMAJS. Komparativní genomika Treponema pallidum technikou genomové hybridizace na oligonukleotidovém čipu. In Abstrakta 49. Studentské vědecké konference. 2005.

Základní údaje

• Originální název: Komparativní genomika Treponema pallidum technikou genomové hybridizace na oligonukleotidovém čipu.
• Název anglicky: Comparative genomics of T. pallidum strains Nichols and SS14 on the oligonucleotide array
• Autoři: MATĚJKOVÁ, Petra (203 Česká republika) a David ŠMAJS (203 Česká republika, garant).
• Vydání: Abstrakta 49. Studentské vědecké konference, 2005.

Další údaje

• Originální jazyk: čeština
• Typ výsledku: Konferenční abstrakt
• Obor: Genetika a molekulární biologie
• Stát vydavatele: Česká republika
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• Kód RIV: RIV/00216224:14110/05:00013195
• Organizační jednotka: Lékařská fakulta
• Klíčová slova anglicky: Treponema pallidum ssp. pallidum; Nichols; SS14
• Štítky: Nichols, SS14, Treponema pallidum ssp. pallidum

Anotace

Cíl: Cílem práce bylo sekvenovat genom Treponema pallidum subsp. pallidum SS14 a porovnat získanou kompletní genomovou sekvenci se sekvencí T. pallidum subsp. pallidum Nichols. Oba porovnávané kmeny způsobují pohlavně přenosné onemocnění syfilis. Celkem bylo v genomu kmene SS14 nalezeno 329 SNP, 7 delecí a 4 inzerce.

Anotace anglicky

The genome of Treponema pallidum ssp. pallidum strain SS14, the causative agent of syphilis, was sequenced using oligonucleotide arrays. The sequences of more than 49 kb of the SS14 genome were verified by capillary sequencing approach. When compared to T. pallidum ssp. pallidum strain Nichols, the genome of SS14 contained 329 single nucleotide changes (219 transitions and 104 transversions), 7 deletions and 4 insertions.

Návaznosti

• GA310/04/0021, projekt VaV: Název: Postgenomické studie syfilitické spirochety Treponema pallidum

Investor: Grantová agentura ČR, Postgenomické studie syfilitické spirochety Treponema pallidum

• MSM0021622415, záměr: Název: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

• NI7351, projekt VaV: Název: Komparativní genomika patogenních spirochet rodu Treponema: cesta k sekvenčně specifické diagnostice

Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Komparativní genomika patogenních spirochet rodu Treponema: cesta k sekvenčně specifické diagnostice