a 2005

Restrikční mapování genomů blízce příbuzných patogenních spirochet rodu Treponema.

STROUHAL, Michal a David ŠMAJS

Základní údaje

Originální název

Restrikční mapování genomů blízce příbuzných patogenních spirochet rodu Treponema.

Název anglicky

Restriction mapping of closely related pathogenic spirochetes of the genus Treponema

Autoři

Vydání

Sborník abstraktů XIV. Tomáškových dnů 2005, 2005

Další údaje

Jazyk

čeština

Typ výsledku

Konferenční abstrakt

Obor

Genetika a molekulární biologie

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Označené pro přenos do RIV

Ano

Kód RIV

RIV/00216224:14110/05:00013199

Organizační jednotka

Lékařská fakulta

Klíčová slova anglicky

Treponema pallidum ssp. pallidum; Treponema pallidum ssp. pertenue; Treponema paraluiscuniculi

Štítky

Změněno: 8. 4. 2010 17:19, prof. MUDr. David Šmajs, Ph.D.

Anotace

ORIG EN

V originále

V této studii jsme vyšetřili rozdíly mezi genomy čtyř příbuzných treponemálních kmenů zahrnující T. pallidum subsp. pallidum Nichols, T. pallidum subsp. pallidum SS14, T. pallidum subsp. pertenue Samoan D, T. pallidum subsp. pertenue Gauthier a T. paraluiscuniculi metodou DNA fingerprintingu. Lze předpokládat, že různá míra invazivity a patogenity těchto spirochet se bude odrážet v rozdílech jejich genomů. Genomy studovaných kmenů byly rozděleny do 94 vzájemně se překrývajících oblastí (TPI intervalů). Každá z těchto oblastí byla pomocí XL PCR amplifikována a získané PCR produkty byly štěpeny restrikčními enzymy BamH I, EcoR I a Hind III. Takto získané restrikční profily byly použity k determinaci heterologních úseků DNA jednotlivých treponemálních kmenů. Tyto odlišnosti jsou soustředěny zejména ve skupině genů tpr, 12-ti genech specifických pro T. pallidum o zatím neznámé funkci. Identifikovaných nukleotidových záměn lze využít při molekulární identifikaci treponemálních kmenů.

Anglicky

Restriction mapping was used for comparison of four treponemal genomes including strains T. pallidum subsp. pallidum Nichols, T. pallidum subsp. pallidum SS14, T. pallidum subsp. pertenue Samoan D and T. paraluiscuniculi. The different degree of invasivity and pathogenicity of these strains could reflect the differences in their genomes. The genomes of analysed strains were divided into 94 intervals (TPI intervals) covering the whole genome and each of these segments was amplified by XL PCR. These PCR products were digested by restriction enzymes BamH I, EcoR I and Hind III and the resulting restiction profiles were used for identification of heterologous regions in chromosomal DNA. The genome differences are preferentially localized in tpr genes. Identified nucleotide changes can be used for molecular identification of individual treponemal strains or isolates.

Návaznosti

GA310/04/0021, projekt VaV
Název: Postgenomické studie syfilitické spirochety Treponema pallidum
Investor: Grantová agentura ČR, Postgenomické studie syfilitické spirochety Treponema pallidum
MSM0021622415, záměr
Název: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací
NI7351, projekt VaV
Název: Komparativní genomika patogenních spirochet rodu Treponema: cesta k sekvenčně specifické diagnostice
Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Komparativní genomika patogenních spirochet rodu Treponema: cesta k sekvenčně specifické diagnostice