Restrikční mapování genomů blízce příbuzných spirochet rodu Treponema.

STROUHAL, Michal a David ŠMAJS. Restrikční mapování genomů blízce příbuzných spirochet rodu Treponema. In Chemické listy. ČR: ČCHS, 2005, s. 386-387. ISSN 0009-2770.

Základní údaje

• Originální název: Restrikční mapování genomů blízce příbuzných spirochet rodu Treponema.
• Název anglicky: restriction mapping of the treponemal genomes
• Autoři: STROUHAL, Michal (203 Česká republika) a David ŠMAJS (203 Česká republika, garant).
• Vydání: ČR, Chemické listy, od s. 386-387, 2 s. 2005.
• Nakladatel: ČCHS

Další údaje

• Originální jazyk: čeština
• Typ výsledku: Stať ve sborníku
• Obor: Genetika a molekulární biologie
• Stát vydavatele: Česká republika
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• Impakt faktor: Impact factor: 0.445
• Kód RIV: RIV/00216224:14110/05:00013202
• Organizační jednotka: Lékařská fakulta
• ISSN: 0009-2770
• Klíčová slova anglicky: Treponema pallidum ssp. pallidum; Treponema pallidum ssp. pertenue; Treponema paraluiscuniculi
• Štítky: Treponema pallidum ssp. pallidum, Treponema pallidum ssp. pertenue, Treponema paraluiscuniculi

Anotace

V této práci jsme se soustředili na kompletní restrikční mapování genomů pěti příbuzných treponemálních kmenů zahrnující T. pallidum subsp. pallidum Nichols, T. pallidum subsp. pallidum SS14, T. pallidum subsp. pertenue Samoan D, T. pallidum subsp. pertenue Gauthier a T. paraluiscuniculi. Genom T. pallidum subsp. pallidum Nichols byl rozdělen do 87 překrývajících se oblastí (TPI intervaly). Každý z těchto intervalů byl amplifikován u všech studovaných kmenů pomocí XL PCR a PCR produkty byly štěpeny restrikčními enzymy BamH I, EcoR I, Hind III nebo jejich kombinacemi. Takto získaný restrikční profil byl použit k determinaci heterologních úseků DNA jednotlivých treponemálních kmenů. Výsledky naznačují vysokou míru sekvenční homologie mezi vyšetřenými kmeny. Ukazuje to na možnost, že rozdílná virulence treponemálních kmenů je podmíněna relativně malými odlišnostmi v příslušných genomech. Identifikované nukleotidové záměny lze využít při molekulární identifikaci treponemálních kmenů.

Anotace anglicky

Restriction mapping was used for comparison of four treponemal genomes including strains T. pallidum subsp. pallidum Nichols, T. pallidum subsp. pallidum SS14, T. pallidum subsp. pertenue Samoan D and T. paraluiscuniculi. The genomes of analysed strains were divided into 94 intervals (TPI intervals) covering the whole genome and each of these segments was amplified by XL PCR. These PCR products were digested by restriction enzymes BamH I, EcoR I and Hind III and the resulting restiction profiles were used for identification of heterologous regions in chromosomal DNA. The results indicate a high sequence homology among treponemal strains. Different degrees of virulence of treponemal strains thus appear to depend on relatively small differences in their genomes. The genome differences are preferentially localized in tpr genes. Identified nucleotide changes can be used for molecular identification of individual treponemal strains or isolates.

Návaznosti

• GA310/04/0021, projekt VaV: Název: Postgenomické studie syfilitické spirochety Treponema pallidum

Investor: Grantová agentura ČR, Postgenomické studie syfilitické spirochety Treponema pallidum

• MSM0021622415, záměr: Název: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

• NI7351, projekt VaV: Název: Komparativní genomika patogenních spirochet rodu Treponema: cesta k sekvenčně specifické diagnostice

Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Komparativní genomika patogenních spirochet rodu Treponema: cesta k sekvenčně specifické diagnostice