a 2005

Reproducibility of Comparative Genomics Sequencing in Treponema pallidum ssp. pallidum.

MATĚJKOVÁ, Petra; David ŠMAJS; T.J. ALBERT; S.J. NORRIS; G.M. WEINSTOCK et. al.

Základní údaje

Originální název

Reproducibility of Comparative Genomics Sequencing in Treponema pallidum ssp. pallidum.

Název česky

Spolehlivost komparativního genomového sekvenování u Treponema pallidum ssp. pallidum.

Autoři

MATĚJKOVÁ, Petra (203 Česká republika); David ŠMAJS (203 Česká republika, garant); T.J. ALBERT (840 Spojené státy); S.J. NORRIS (840 Spojené státy) a G.M. WEINSTOCK (840 Spojené státy)

Vydání

Abstract Book of NATO Advanced Research Workshop on Molecular Biology of Spirochetes, 2005

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Konferenční abstrakt

Obor

Genetika a molekulární biologie

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Kód RIV

RIV/00216224:14110/05:00013212

Organizační jednotka

Lékařská fakulta

Klíčová slova anglicky

T. pallidum subspecies pallidum; strain SS14; Comparative Genomic Sequencing

Štítky

Změněno: 8. 4. 2010 17:17, prof. MUDr. David Šmajs, Ph.D.

Anotace

ORIG CZ

V originále

The genome of T. pallidum subspecies pallidum strain SS14 was sequenced twice using Comparative Genomic Sequencing (CGS) strategy. In the first mapping stage, fluorescently labeled genomic Two independent CGS experiments with different DNA isolates of SS14 strain (4950 and 4951) were performed. 319 and 317 SNPs were identified with 4951 and 4950 DNA isolations, respectively. Both sequencing experiments differed in 14 SNPs, (1 difference per 81 kb of the genome sequence).

Česky

Genom T. pallidum subspecies pallidum kmene SS14 byl dvakrát nezávisle sekvenován s použitím strategie CGS - Comparative Genomic Sequencing strategy. Dva nezávislé experimenty s odlišnými vzorky DNA kmene SS14 (4950 a 4951) odhalily 319 a 317 SNP zámn. Oba experimenty se lišily ve 14 SNP, (1 rozdíl na 81 kb genomové sekvence).

Návaznosti

GA310/04/0021, projekt VaV
Název: Postgenomické studie syfilitické spirochety Treponema pallidum
Investor: Grantová agentura ČR, Postgenomické studie syfilitické spirochety Treponema pallidum
MSM0021622415, záměr
Název: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací
NI7351, projekt VaV
Název: Komparativní genomika patogenních spirochet rodu Treponema: cesta k sekvenčně specifické diagnostice
Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Komparativní genomika patogenních spirochet rodu Treponema: cesta k sekvenčně specifické diagnostice