Optimalizace izolace bakteriální DNA amplifikovatelné v PCR

NĚMCOVÁ, Petra, Alena ŠPANOVÁ, Bohuslav RITTICH and Daniel HORÁK. Optimalizace izolace bakteriální DNA amplifikovatelné v PCR (Optimization of the method of PCR-ready DNA izolation). In X. Pracovní setkání biochemiků a molekulárních biologů. Brno: Masarykova univerzita, 2006, p. 105-105. ISBN 80-210-3942-6.

Basic information

• Original name: Optimalizace izolace bakteriální DNA amplifikovatelné v PCR
• Name (in English): Optimization of the method of PCR-ready DNA izolation
• Authors: NĚMCOVÁ, Petra (203 Czech Republic), Alena ŠPANOVÁ (203 Czech Republic), Bohuslav RITTICH (203 Czech Republic, guarantor) and Daniel HORÁK (203 Czech Republic).
• Edition: Brno, X. Pracovní setkání biochemiků a molekulárních biologů, p. 105-105, 1 pp. 2006.
• Publisher: Masarykova univerzita

Other information

• Original language: Czech
• Type of outcome: Proceedings paper
• Field of Study: 10600 1.6 Biological sciences
• Country of publisher: Czech Republic
• Confidentiality degree: is not subject to a state or trade secret
• RIV identification code: RIV/00216224:14310/06:00015625
• Organization unit: Faculty of Science
• ISBN: 80-210-3942-6
• Keywords in English: DNA; magnetic particles; Lactobacillus; PCR
• Tags: DNA, Lactobacillus, magnetic particles, PCR

Abstract

Byl optimalizován postup izolace bakteriální DNA pomocí magnetických částic P(HEMA-co-GMA) (1/1) pokrytých karboxylovými skupinami (0,764 mM COOH/g ). Jako kontrola byly použity magnetické částice silikagelu (CPG, USA). Adsorpce DNA probíhala v prostředí vysoké koncentrace PEG 6000 a NaCl. K testování byla použita DNA izolovaná z bakterií rodu Lactobacillus narostlých v čisté kultuře. Při eluci DNA z částic bylo ověřováno použití různých pufrů (voda, TE, TBE a TAE pufr), doby eluce a způsobů promíchávání částic. Nejvhodnější postup byl použit při izolaci DNA z bakterií rodu Lactobacillus obsažených v mléčných výrobcích. Bakterie rodu Lactobacillus byly identifikovány pomocí PCR s rodově specifickými primery LbLMA 1-rev a R16-1 (Dubernet a spol., 2002). Druh Lactobacillus acidophilus byl identifikován pomocí PCR s druhově specifickými primery Aci I a Aci II (Tilsala a kol., 1997).

Abstract (in English)

The procedure was optimalised for the solid-phase bacterial DNA isolation using magnetic particles P(HEMA-co-EDMA) (1/1)covered by carboxyl groups (0,764 mM COOH/g). Magnetic silica particles (CPG, USA) were used as control. DNA adsorption was carried out in high PEG and NaCl concentrations. DNA isolated from pure cultures of bacteria of genus Lactobacillus was used. DNA elution was tested using different buffers (TE, TBE, TAE, water) and time durations including different intensity of sample mixing. The most suitable procedure was used for DNA isolation from bacteria of genus Lactobacillus in dairy products. Bacteria of genus Lactobacillus were identified using PCR with genus specific primers LbLMA 1-rev and R16-1 (Duberbet et al., 2002). The species Lactobacillus acidophilus was identified using PCR with species specific primers AciI and AciII (Tilsala et al. 1997).

Links

• GA203/05/2256, research and development project: Name: Magnetické hydrofilní polymerní mikročástice reagující na vnější stimuly pro lékařství a bioinženýrství

Investor: Czech Science Foundation, Magnetic stimuli-responsive hydrophilic polymer microspheres for biomedicine/bioengineering

• MSM0021622415, plan (intention): Name: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Molecular basis of cell and tissue regulations

• 1G57037, research and development project: Name: Aplikace molekulárně biologických metod pro efektivní využití genetických zdrojů BMK a pro charakterizaci kvality funkčních potravin.

Investor: Ministry of Agriculture of the CR, Aplication of molecular biology methods for the effective use of genetic sources of LAB and the characterisation of functional foods quality