A flexible technique for the automatic design for approximate string matching architectures

MARTÍNEK, Tomáš, Matej LEXA, Jan KOŘENEK a Otto FUČÍK. A flexible technique for the automatic design for approximate string matching architectures. In Proceedings of 2006 IEEE Design and Diagnostics of Electronic Circuits and Systems Workshop. Praha: IEEE Computer Society, 2006, s. 83-84. ISBN 1424401844.

Základní údaje

Originální název

A flexible technique for the automatic design for approximate string matching architectures

Název česky

Flexibilní technika pro automatické navrhování architektur pro hledání podobnosti řetězců

Autoři

MARTÍNEK, Tomáš (203 Česká republika), Matej LEXA (703 Slovensko, garant), Jan KOŘENEK (203 Česká republika) a Otto FUČÍK (203 Česká republika)

Vydání

Praha, Proceedings of 2006 IEEE Design and Diagnostics of Electronic Circuits and Systems Workshop, od s. 83-84, 2 s. 2006

Nakladatel

IEEE Computer Society

---

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Stať ve sborníku

Obor

20206 Computer hardware and architecture

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Kód RIV

RIV/00216224:14330/06:00016791

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

ISBN

1424401844

UT WoS

000238973400021

Klíčová slova anglicky

Approximate string matching; systolic array architecture; FPGA; DNA sequence analysis

Štítky

Approximate string matching, DNA sequence analysis, FPGA, systolic array architecture

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

---

Anotace

V originále

Systolic array architectures for approximate string matching play a significant role as hardware accelerators in biological applications. However, their wider use is limited by the lack of flexibility required by often variable tasks. In this respect, it is desirable to develop a procedure for automatic design and implementation of such accelerators to reach high performance and efficiency with as little human effort on the side of the designer as possible. This paper proposes the essential element of such procedure, a method for the calculation of generic systolic array parameters with respect to maximal performance and efficient resource utilization.

Česky

V tomto článku navrhujeme metodu pro výpočet optimální konfigurace systolického pole pro použití v hardwarových akcelerátorech porovnávání řetězců v molekulárně-biologických aplikacích.