RÁZGA, Filip, Martin ZACHARIAS, Kamila RÉBLOVÁ, Jaroslav KOČA a Jiří ŠPONER. RNA kink-turns as molecular elbows: Hydration, cation binding, and large-scale dynamics. Structure. USA: CELL PRESS, 1100 MASSACHUSETTS AVE, CAMB, 2006, roč. 14, č. 5, s. 825-835, 10 s. ISSN 0969-2126.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název RNA kink-turns as molecular elbows: Hydration, cation binding, and large-scale dynamics
Název česky RNA kink-turn jako molekulové lokty: Hydratace, vazba iontů a dynamika
Autoři RÁZGA, Filip (703 Slovensko), Martin ZACHARIAS (250 Francie), Kamila RÉBLOVÁ (203 Česká republika), Jaroslav KOČA (840 Spojené státy) a Jiří ŠPONER (203 Česká republika, garant).
Vydání Structure, USA, CELL PRESS, 1100 MASSACHUSETTS AVE, CAMB, 2006, 0969-2126.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek v odborném periodiku
Obor 10403 Physical chemistry
Stát vydavatele Spojené státy
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
Impakt faktor Impact factor: 5.738
Kód RIV RIV/00216224:14310/06:00015722
Organizační jednotka Přírodovědecká fakulta
UT WoS 000237761100006
Klíčová slova anglicky Kink-turn; A-minor motif; RNA flexibility; Molecular Dynamics; Ribosome function
Štítky A-minor motif, Kink-turn, molecular dynamics, Ribosome function, RNA flexibility
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnil: prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc., učo 610. Změněno: 14. 2. 2007 15:20.
Anotace
The presence of Kink-turns (Kt) at key functional sites in the ribosome (e.g., A-site finger and L7/L12 stalk) suggests that some Kink-turns can confer flexibility on RNA protuberances that regulate the traversal of tRNAs during translocation. Explicit solvent molecular dynamics demonstrates that Kink-turns can act as flexible molecular elbows. Kink-turns are associated with a unique network of long-residency static and dynamical hydration sites that is intimately involved in modulating their conformational dynamics. An implicit solvent conformational search confirms the flexibility of Kink-turns around their X-ray geometries and identifies a second low-energy region with open structures that could correspond to Kink-turn geometries seen in solution experiments. An extended simulation of Kt-42 with the factor binding site (helices 43 and 44) shows that the local Kt-42 elbow-like motion fully propagates beyond the Kink-turn, and that there is no other comparably flexible site in this rRNA region. Kink-turns could mediate large-scale adjustments of distant RNA segments.
Anotace česky
K-turn motivy jsou funkční klíčové RNA elementy (např:A-site finger and L7/L12 stalk), které regulují flexibilitu ribosomální RNA během procesu translokace. Explicit solvent MD simulace ukazují, že tyto struktury jsou asociovány se sití molekul vod, které významně ovlivňují jejich konformace.
Návaznosti
GD204/03/H016, projekt VaVNázev: Strukturní biofyzika makromolekul
Investor: Grantová agentura ČR, Strukturní biofyzika makromolekul
MSM0021622413, záměrNázev: Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
VytisknoutZobrazeno: 18. 9. 2024 21:23