Využití MALDI-MS pro identifikaci Pseudomonas spp.

VÁVROVÁ, Andrea, Ludmila TVRZOVÁ, Zbyněk ZDRÁHAL, Ondrej ŠEDO, Matej LEXA a Pavel ŠVEC. Využití MALDI-MS pro identifikaci Pseudomonas spp. In Tomáškovy dny mladých mikrobiologů. 2006.

Základní údaje

• Originální název: Využití MALDI-MS pro identifikaci Pseudomonas spp.
• Název česky: Využití MALDI-MS pro identifikaci Pseudomonas spp.
• Název anglicky: The use of MALDI-MS for typing Pseudomonas spp.
• Autoři: VÁVROVÁ, Andrea (203 Česká republika), Ludmila TVRZOVÁ (203 Česká republika, garant), Zbyněk ZDRÁHAL (203 Česká republika), Ondrej ŠEDO (203 Česká republika), Matej LEXA (703 Slovensko) a Pavel ŠVEC (203 Česká republika).
• Vydání: Tomáškovy dny mladých mikrobiologů, 2006.

Další údaje

• Originální jazyk: čeština
• Typ výsledku: Konferenční abstrakt
• Obor: 10600 1.6 Biological sciences
• Stát vydavatele: Česká republika
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• Kód RIV: RIV/00216224:14310/06:00017426
• Organizační jednotka: Přírodovědecká fakulta
• Klíčová slova anglicky: Pseudomonas rapid typing mass spectrometry biomarker MALDI TOF MS
• Příznaky: Recenzováno

Anotace

Bakterie rodu Pseudomonas jsou hojně zastoupeny v životním prostředí, potravinách a klinickém materiálu. Jeho hlavní význam spočívá v přítomnosti enzymatických drah uplatňujících se v biodegradaci a geochemických cyklech. Bakterie tohoto rodu jsou často izolovány z humánního a veterinárního klinického materiálu jako etiologické agens široké škály infekcí, včetně infekcí nozokomiálních a systémových. Klasifikace a identifikace izolátů z prostředí je problematická vzhledem k heterogenitě a genetické proměnlivosti v rámci rodu. Analýza celobuněčných preparátů metodou hmotnostní spektrometrie s laserovou desorpcí a ionizací za účasti matrice při měření délky letu ionizovaných části (Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time of Flight, MALDI-TOF MS)je metoda, která se v současnosti začíná využívat pro typizaci a identifikaci mikroorganismů. Využívá specifických peptidových a proteinových profilů jednotlivých izolátů. Cílem naší práce bylo optimalizovat kultivaci, přípravu vzorku a podmínky pro hmotnostní analýzu. Z analýz byla získávána spektra proteinových a peptidových píků, která byla zpracovávána softwarem vyvinutým oddělením informačních technologií při fakultě informatiky Masarykovy univerzity. Zpracování dat umožnilo identifikaci a kvantifikaci píků, výpočet podobnosti mezi proteinovými spektry a klasifikaci vzorků. Výsledky metody byli porovnávány s výsledky jiných taxonomických metod. Podařilo se optimalizovat provedení MALDI TOF-MS pro analýzu bakterií rodu Pseudomonas a potvrdit jejich využitelnost v typizaci. Hlavními výhodami metody jsou vysoce reprodukovatelná spektra, rychlost analýzy a práce s malým objemem vzorku. Práce je podporována projekty MSM 0021622413.

Anotace anglicky

Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time of Flight, MALDI-TOF MS, is useful method in classification of environmental and clinical isoaltes of bacteria of teh genus Pseudomonas.

Návaznosti

• LC06034, projekt VaV: Název: Regulace morfogeneze rostlinných buněk a orgánů

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Regulace morfogeneze rostlinných buněk a orgánů

• MSM0021622413, záměr: Název: Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím

• MSM0021622415, záměr: Název: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

• MSM0021622416, záměr: Název: Diverzita biotických společenstev a populací: kauzální analýza variability v prostoru a čase

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Diverzita biotických společenstev: kauzální analýza variability v prostoru a čase