Komparativní genomika patogenních kmenů T. pallidum.

STROUHAL, Michal, David ŠMAJS a Petra MATĚJKOVÁ. Komparativní genomika patogenních kmenů T. pallidum. In Tomáškovy dny 2006. Sborník abstraktů. 2006.

Základní údaje

• Originální název: Komparativní genomika patogenních kmenů T. pallidum.
• Název česky: Komparativní genomika patogenních kmenů T. pallidum.
• Název anglicky: Comparative genomics of pathogenic strains of T. pallidum.
• Autoři: STROUHAL, Michal (203 Česká republika), David ŠMAJS (203 Česká republika, garant) a Petra MATĚJKOVÁ (203 Česká republika).
• Vydání: Tomáškovy dny 2006. Sborník abstraktů. 2006.

Další údaje

• Originální jazyk: čeština
• Typ výsledku: Konferenční abstrakt
• Obor: Genetika a molekulární biologie
• Stát vydavatele: Česká republika
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• Kód RIV: RIV/00216224:14110/06:00016080
• Organizační jednotka: Lékařská fakulta
• Klíčová slova anglicky: Comparative genomics; T. pallidum.
• Štítky: comparative genomics, T. pallidum.

Anotace

Byly porovnány čtyři genomy blízce příbuzných spirochet rodu Treponema metodou DNA fingerprintingu. Byly vyšetřeny kmeny Nichols, SS14 (T. p. pallidum), Samoan D (T. p. pertenue) a Cuniculi A (T. paraluiscuniculi). T. p. pallidum je etiologickým agens sexuálně přenosné syfilis a je obligátním patogenem člověka, T. p. pertenue způsobuje nevenerické infekce a je mírně invazivní, T. paraluiscuniculi způsobuje venerické onemocnění králíků a je nepatogenní pro člověka. Lze předpokládat, že různá míra invazivity a patogenity těchto spirochet se bude odrážet v rozdílech jejich genomů. Na základě kompletní nukleotidové sekvence kmene Nichols byly genomy vybraných zástupců rozděleny do 97 překrývajících se intervalů, tyto intervaly byly amplifikovány a štěpeny restrikčními enzymy BamH I, EcoR I a Hind III. Restrikční profily jednotlivých kmenů byly srovnány a použity k identifikaci heterologních oblastí. Rozdíly v genomech byly soustředěny zejména do skupiny tpr genů a do skupiny hypotetických genů, které se nacházejí v jejich blízkosti.

Anotace anglicky

Whole genome fingerprinting was used to compare four treponemal strains including Nichols and SS14 (T. p. pallidum), Samoan D (T. p. pertenue) and Cuniculi A (T. paraluiscuniculi). T. p. pallidum is the causative agent of sexually transmitted syphilis, T. p. pertenue causes endemic non-venereal treponemal infections and T. paraluiscuniculi is the etiologic agent of venereal syphilis in rabbits and does not infect humans. The different degrees of invasivity and pathogenicity of these strains should correspond to the differences in their genomes. The genomes of analysed strains were divided into 97 overlapping intervals covering the whole genome and each of these segments was amplified and digested by restriction enzymes BamH I, EcoR I and Hind III. The resulting restiction profiles were used for identification of heterologous regions in chromosomal DNA of analysed strains. The genome differences are preferentially localized in the vicinity of tpr genes.

Návaznosti

• GA310/04/0021, projekt VaV: Název: Postgenomické studie syfilitické spirochety Treponema pallidum

Investor: Grantová agentura ČR, Postgenomické studie syfilitické spirochety Treponema pallidum

• MSM0021622415, záměr: Název: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

• NR8967, projekt VaV: Název: Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů

Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. Pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů