Sekvenace heterologních oblastí genomu T. pallidum sussp. pertenue kmene Samoan D: cesta ke kompletní genomové sekvenci původce yaws.

MATĚJKOVÁ, Petra a David ŠMAJS. Sekvenace heterologních oblastí genomu T. pallidum sussp. pertenue kmene Samoan D: cesta ke kompletní genomové sekvenci původce yaws. In Jubilejní 50. studentská vědecká konference. Program a abstrakta. 2006.

Základní údaje

• Originální název: Sekvenace heterologních oblastí genomu T. pallidum sussp. pertenue kmene Samoan D: cesta ke kompletní genomové sekvenci původce yaws.
• Název anglicky: Sequencing of the genome of T. pallidum subsp. pertenue strain Samoa D
• Autoři: MATĚJKOVÁ, Petra (203 Česká republika) a David ŠMAJS (203 Česká republika, garant).
• Vydání: Jubilejní 50. studentská vědecká konference. Program a abstrakta. 2006.

Další údaje

• Originální jazyk: čeština
• Typ výsledku: Konferenční abstrakt
• Obor: Genetika a molekulární biologie
• Stát vydavatele: Česká republika
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• Kód RIV: RIV/00216224:14110/06:00016082
• Organizační jednotka: Lékařská fakulta
• Klíčová slova anglicky: Sequencing; T. pallidum subsp. pertenue strain Samoa D
• Štítky: Sequencing

Anotace

Cíl: Cílem práce bylo amplifikovat heterologní oblasti genomu Treponema pallidum subsp. pertenue Samoan D zjištěné metodou komparativní genomové sekvenace (CGS) a přispět tak k získání kompletní genomové sekvence původce yaws. Metodou přímého sekvenování PCR produktů jsme vyšetřili 68 z 82 heterologních oblastí a nalezli jsme sekvenční změny charakteru jednonukleotidových záměn a krátkých delecí a inzercí. U oblastí delších, kde je nutno používat pro sekvenování také interní primery, dochází často k situaci, že primery nenasedají, neboť v jejich komplementárním místě je sekvenční změna oproti kmeni Nichols. Sekvenční rozdíly zjištěné DDT sekvenováním heterologních úseků budou použity pro dokončení kompletní genomové sekvence kmene Samoan D.

Anotace anglicky

Treponema pallidum ssp. pallidum (TPA), the causative agent of syphilis, and T. pallidum ssp. pertenue (TPE), the causative agent of yaws (Antal et al. 2002), have closely related genomes but cause distinct infections. Syphilis is a sexually transmitted disease while yaws is a tropical skin disease transmitted by contact. Classical molecular methods of nucleic acid comparisons showed identity of these genomes higher than 95%. Comparative Genome Sequencing (CGS, Alberts et al. 2005) was performed. The approach is based on oligonucleotide chip hybridization of tested and reference strain chromosomal DNA. In TPE Samoa D strain genome over 900 SNPs were identified when compared to Nichols strain and additional 80 heterologous regions were discovered. Heterologous regions contain clusters of SNPs and short indels and have to be DDT sequenced. The aim of this work was partial confirmation of SNP list output of CGS and DDT completion of genome sequence of yaws spirochete.

Návaznosti

• GA310/04/0021, projekt VaV: Název: Postgenomické studie syfilitické spirochety Treponema pallidum

Investor: Grantová agentura ČR, Postgenomické studie syfilitické spirochety Treponema pallidum

• MSM0021622415, záměr: Název: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

• NR8967, projekt VaV: Název: Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů

Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. Pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů