Kompletní genomová sekvenace kmene Treponema pallidum subsp. pertenue Samoa D: srovnání pyrosekvencování a komparativní genomové sekvenace

ZOBANÍKOVÁ, Marie, Petra MATĚJKOVÁ, Michal STROUHAL and David ŠMAJS. Kompletní genomová sekvenace kmene Treponema pallidum subsp. pertenue Samoa D: srovnání pyrosekvencování a komparativní genomové sekvenace (Whole genome sequencing of Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D: comparison of pyrosequencing and comparative genome sequencing). In Sborník abstraktů Tomáškovy dny 2007. 2007.

Basic information

Original name

Kompletní genomová sekvenace kmene Treponema pallidum subsp. pertenue Samoa D: srovnání pyrosekvencování a komparativní genomové sekvenace

Name in Czech

Kompletní genomová sekvenace kmene Treponema pallidum subsp. pertenue Samoa D: srovnání pyrosekvencování a komparativní genomové sekvenace

Name (in English)

Whole genome sequencing of Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D: comparison of pyrosequencing and comparative genome sequencing

Authors

ZOBANÍKOVÁ, Marie (203 Czech Republic), Petra MATĚJKOVÁ (203 Czech Republic), Michal STROUHAL (203 Czech Republic) and David ŠMAJS (203 Czech Republic, guarantor)

Edition

Sborník abstraktů Tomáškovy dny 2007, 2007

---

Other information

Language

Czech

Type of outcome

Konferenční abstrakt

Field of Study

Genetics and molecular biology

Country of publisher

Czech Republic

Confidentiality degree

není předmětem státního či obchodního tajemství

RIV identification code

RIV/00216224:14110/07:00019063

Organization unit

Faculty of Medicine

Keywords in English

Treponema pallidum; pyrosequencing; comparative genome sequencing

Tags

comparative genome sequencing, pyrosequencing, Treponema pallidum

---

Abstract

V originále

Původce tropického kožního onemocnění yaws, Treponema pallidum ssp. pertenue, je na úrovni DNA blízce příbuzná kmeni Treponema pallidum ssp. pallidum Nichols. Sekvenace genomu Treponema pallidum ssp. pertenue Samoa D byla provedena metodou komparativní genomové sekvenace (CGS) a pyrosekvencováním (454 Life Sciences). Metoda CGS umožňuje sekvenaci blízce příbuzných mikrobiálních genomů na základě znalosti referenčního genomu (genom syfilitického kmene Nichols). Pyrosekvencování je metoda umožňující de novo sekvenaci celého mikrobiálního genomu. Touto metodou bylo získáno celkem 29 výsledných kontigů s 29 mezerami (1-3344 bp). Sekvence získané CGS a pyrosekvencováním byly porovnány pomocí softwaru Lasergene a bylo odhaleno 512 odlišností převážně charakteru jednonukleotidových polymorfismů (tedy jednonukleotidových substitucí SNP, jednonukleotidových delecí nebo inzercí). Sekvence v těchto oblastech bylo navrženo ověřit pomocí sekvenace 345 individuálních PCR produktů.

In English

Treponema pallidum ssp. pertenue, the causative agent of tropical dermal disease yaws, is at the DNA level closely related to Treponema pallidum ssp. pallidum strain Nichols. For genome sequencing of Treponema pallidum ssp. pertenue Samoa D, comparative genome sequencing (CGS) and pyrosequencing (454 Life Sciences) were used. The CGS method is used for sequencing of closely related microbial genomes based on the sequence of the reference genome (Nichols genome).

---

Links

GA310/07/0321, research and development project	Name: Komparativní genomové sekvencování patogenních treponem a transkriptomová analýza T. pallidum ssp. pallidum Investor: Czech Science Foundation
MSM0021622415, plan (intention)	Name: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Molecular basis of cell and tissue regulations
NR8967, research and development project	Name: Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů Investor: Ministry of Health of the CR