Other formats:
BibTeX
LaTeX
RIS
@proceedings{720011, author = {Zobaníková, Marie and Matějková, Petra and Strouhal, Michal and Šmajs, David}, booktitle = {Sborník abstraktů Tomáškovy dny 2007}, keywords = {Treponema pallidum; pyrosequencing; comparative genome sequencing}, language = {cze}, title = {Kompletní genomová sekvenace kmene Treponema pallidum subsp. pertenue Samoa D: srovnání pyrosekvencování a komparativní genomové sekvenace}, year = {2007} }
TY - CONF ID - 720011 AU - Zobaníková, Marie - Matějková, Petra - Strouhal, Michal - Šmajs, David PY - 2007 TI - Kompletní genomová sekvenace kmene Treponema pallidum subsp. pertenue Samoa D: srovnání pyrosekvencování a komparativní genomové sekvenace KW - Treponema pallidum KW - pyrosequencing KW - comparative genome sequencing N2 - Původce tropického kožního onemocnění yaws, Treponema pallidum ssp. pertenue, je na úrovni DNA blízce příbuzná kmeni Treponema pallidum ssp. pallidum Nichols. Sekvenace genomu Treponema pallidum ssp. pertenue Samoa D byla provedena metodou komparativní genomové sekvenace (CGS) a pyrosekvencováním (454 Life Sciences). Metoda CGS umožňuje sekvenaci blízce příbuzných mikrobiálních genomů na základě znalosti referenčního genomu (genom syfilitického kmene Nichols). Pyrosekvencování je metoda umožňující de novo sekvenaci celého mikrobiálního genomu. Touto metodou bylo získáno celkem 29 výsledných kontigů s 29 mezerami (1-3344 bp). Sekvence získané CGS a pyrosekvencováním byly porovnány pomocí softwaru Lasergene a bylo odhaleno 512 odlišností převážně charakteru jednonukleotidových polymorfismů (tedy jednonukleotidových substitucí SNP, jednonukleotidových delecí nebo inzercí). Sekvence v těchto oblastech bylo navrženo ověřit pomocí sekvenace 345 individuálních PCR produktů. ER -
ZOBANÍKOVÁ, Marie, Petra MATĚJKOVÁ, Michal STROUHAL and David ŠMAJS. Kompletní genomová sekvenace kmene Treponema pallidum subsp. pertenue Samoa D: srovnání pyrosekvencování a komparativní genomové sekvenace (Whole genome sequencing of Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D: comparison of pyrosequencing and comparative genome sequencing). In \textit{Sborník abstraktů Tomáškovy dny 2007}. 2007.
|