a 2007

Určovanie genómovej sekvencie Treponema pallidum subspecies pallidum kmeňa Dallas 1

MIKOLKA, Pavol a David ŠMAJS

Základní údaje

Originální název

Určovanie genómovej sekvencie Treponema pallidum subspecies pallidum kmeňa Dallas 1

Název anglicky

Complete genome sequence of Treponema pallidum subspecies pallidum Dallas 1

Autoři

Vydání

51. Studentská vědecká konference. Program a abstrakta. 2007

Další údaje

Jazyk

slovenština

Typ výsledku

Konferenční abstrakt

Obor

Genetika a molekulární biologie

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Označené pro přenos do RIV

Ano

Kód RIV

RIV/00216224:14110/07:00019073

Organizační jednotka

Lékařská fakulta

Klíčová slova anglicky

Complete genome sequence; Treponema pallidum subspecies pallidum

Štítky

Změněno: 8. 4. 2010 15:20, prof. MUDr. David Šmajs, Ph.D.

Anotace

ORIG EN

V originále

Treponema pallidum ssp. pallidum Dallas 1 je jedným z kmeňov spôsobujúci syfilis. Tento kmeň bol izolovaný v Dallase a s kmeňom Nichols objaveným v roku 1912 vo Washingtone patria do rovnakého poddruhu. K určeniu variability kmeňov poddruhu T. p. pallidum sme sekvencovali genom kmeňa Dallas 1 pomocou pyrosekvencovania (454 Life Sciences). Táto metóda je zvlášť vhodná pre určenie kompletnej sekvencie genómov mikroorganizmov, ktoré nie sme schopní kultivovať v podmienkach in vitro. Celogenómové rozdiely medzi kmeňmi Dallas 1 a Nichols pozostávali z 85 SNP, 143 jednonukleotidových delecií a inzercií (indelov) a 4 dlhších indelov o dĺžke 2 až 4 bp. Stanovenie sekvenčných rozdielov medzi jednotlivými genomami príbuzných treponem bude použité pre určenie vnútropoddruhovej (vnútry poddruhu T. p. pallidum) a medzipoddruhovej variability (medzi poddruhami T. p. pallidum a T. p. pertenue).

Anglicky

The complete genome sequence of Treponema pallidum subspecies pallidum Dallas 1 was established and analyzed.

Návaznosti

GA310/07/0321, projekt VaV
Název: Komparativní genomové sekvencování patogenních treponem a transkriptomová analýza T. pallidum ssp. pallidum
Investor: Grantová agentura ČR, Komparativní genomové sekvencování patogenních treponem a transkriptomová analýza T. pallidum ssp. pallidum
MSM0021622415, záměr
Název: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací
NR8967, projekt VaV
Název: Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů
Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. Pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů