Další formáty:
BibTeX
LaTeX
RIS
@proceedings{720098,
author = {Čejková, Darina and Šmajs, David},
booktitle = {51. Studentská vědecká konference. Program a abstrakta.},
keywords = {Complete genome sequence; Treponema pallidum subspecies pertenue CDC-2},
language = {cze},
title = {Určení kompletní genomové sekvence kmene Treponema pallidum subspecies pertenue CDC-2},
year = {2007}
}
TY - CONF
ID - 720098
AU - Čejková, Darina - Šmajs, David
PY - 2007
TI - Určení kompletní genomové sekvence kmene Treponema pallidum subspecies pertenue CDC-2
KW - Complete genome sequence
KW - Treponema pallidum subspecies pertenue CDC-2
N2 - Cíl: Získání kompletní genomové sekvence Treponema pallidum ssp. pertenue CDC-2 (původce yaws) a následná komparativní genomika s genomy blízce příbuzných treponem (původci pohlavně nepřenosné yaws, venerické syfilis a spirochetózy králíků). Z celkového množství 10,24 microg amplifikované DNA, 6 microg bylo použito k pyrosekvenování. Sekvenací bylo určeno 464757 bp sestavených do 1669 kontigů. Použitím blastn analýzy bylo určeno 74 kontigů, jejichž sekvence jsou homologní k sekvencím Treponema. Získaná sekvence CDC-2 kontigů byla průměrně čtena 36x a zahrnovala 98,63 % genomu T. p. pallidum Nichols (AE000520). Délka mezer mezi 74 kontigy ležela v rozmezí 1 bp a 5963 bp a spadala do 50 amplifikovatelných oblastí. Očekávané celogenomové rozdíly mezi kmeny CDC-2 a Nichols zahrnují 2100 SNP, 4 inzerce a 6 delecí. Očekávané rozdíly mezi kmeny CDC-2 a Samoa D představují 400 SNP, 1 inzerci a 1 deleci.
ER -
ČEJKOVÁ, Darina a David ŠMAJS. Určení kompletní genomové sekvence kmene Treponema pallidum subspecies pertenue CDC-2. In \textit{51. Studentská vědecká konference. Program a abstrakta.}. 2007.
|
