a 2007

Srovnání komparativní genomové sekvenace a pyrosekvenace u Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D

ZOBANÍKOVÁ, Marie a David ŠMAJS

Základní údaje

Originální název

Srovnání komparativní genomové sekvenace a pyrosekvenace u Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D

Název česky

Srovnání komparativní genomové sekvenace a pyrosekvenace u Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D

Název anglicky

CGS and pyrosequencing of Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D

Autoři

ZOBANÍKOVÁ, Marie a David ŠMAJS

Vydání

51. Studentská vědecká konference. Program a abstrakta. 2007

Další údaje

Jazyk

čeština

Typ výsledku

Konferenční abstrakt

Obor

Genetika a molekulární biologie

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Označené pro přenos do RIV

Ano

Kód RIV

RIV/00216224:14330/07:00020336

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

Klíčová slova anglicky

CGS; pyrosequencing; Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D

Štítky

Změněno: 7. 4. 2010 16:39, Mgr. Marie Zobaníková, Ph.D.

Anotace

ORIG EN

V originále

Cíl: Srovnat komparativní genomovou sekvenaci (CGS) a pyrosekvenaci a určit správnou sekvenci genomu Treponema pallidum ssp. pallidum Samoa D. Materiál a metody: Metoda CGS umožňuje sekvenaci blízce příbuzných mikrobiálních genomů s využitím znalosti referenčního genomu. Pyrosekvencování je metoda umožňující sekvenaci celého mikrobiálního genomu de novo i z malého množství DNA bez nutnosti konstrukce genomové knihovny. Pyrosekvencování využívá luminiscenční detekce bisfosfátu uvolněného při prodlužování replikovaného řetězce inkorporací nukleotidů polymerázou. Mezi sekvencemi z CGS a pyrosekvencování bylo odhaleno 512 odlišností, a to převážně jednonukleotidových. Ty byly rozděleny do 345 oblastí, které byly navrženy pro amplifikaci PCR a enzymatickou sekvenaci. Z výsledků srovnání vyplývá, že CGS chybuje asi 1,2x častěji než pyrosekvencování. Na chybách způsobených pyrosekvencováním se nejvíce podílí delece a inzerce (indely) a to celkem z 92,3 %.

Anglicky

CGS and pyrosequencing methods used for whole geneme sequencing of Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D are compared.

Návaznosti

GA310/07/0321, projekt VaV
Název: Komparativní genomové sekvencování patogenních treponem a transkriptomová analýza T. pallidum ssp. pallidum
Investor: Grantová agentura ČR, Komparativní genomové sekvencování patogenních treponem a transkriptomová analýza T. pallidum ssp. pallidum
MSM0021622415, záměr
Název: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací
NR8967, projekt VaV
Název: Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů
Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. Pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů