J 2007

Identification of Tunnels in Proteins, Nucleic Acids, Inorganic Materials and Molecular Ensembles

DAMBORSKÝ, Jiří; Martin PETŘEK; Pavel BANÁŠ a Michal OTYEPKA

Základní údaje

Originální název

Identification of Tunnels in Proteins, Nucleic Acids, Inorganic Materials and Molecular Ensembles

Název česky

Identifikace tunelů v proteinech, nukleových kyselinách, anorganických materiálech a moleklárních částech

Autoři

DAMBORSKÝ, Jiří; Martin PETŘEK; Pavel BANÁŠ a Michal OTYEPKA

Vydání

BIOTECHNOLOGY JOURNAL, 2007, 1860-6768

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10500 1.5. Earth and related environmental sciences

Stát vydavatele

Spojené státy

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

Označené pro přenos do RIV

Ano

Kód RIV

RIV/00216224:14310/07:00022384

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

Klíčová slova anglicky

structure-function relationships; CAVER; calculations of tunnels;

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 17. 4. 2009 14:51, prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.

Anotace

V originále

he knowledge of the access paths connecting interior of molecular systems with surrounding environment is important for understanding of structure-function relationships and engineering of molecules for biotechnological applications. CAVER is a computer program developed for calculations of tunnels, channels or pores in the biomolecules, inorganic materials and molecular ensembles. The algorithm performs a skeleton search based on a reciprocal distance function grid. The algorithm is implemented in the stand-alone version, web version and as plug-in for PyMol. CAVER is available from the web site http://loschmidt.chemi.muni.cz/caver.

Česky

K výpočtům tunelů v biomolekulách byl použit nový program CAVER. V článku jsou popisovány algoritmy vypočtů a význam tunelů v biomolekulách pro jejich chováni v životním prostředí či při biotechnologických aplikacích.

Návaznosti

MSM0021622413, záměr
Název: Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím