Využití metody ARDRA pro druhovou identifikaci nových kmenů bakterií rodu Bifidobacterium

KŠICOVÁ, Kateřina, Alena ŠPANOVÁ and Bohuslav RITTICH. Využití metody ARDRA pro druhovou identifikaci nových kmenů bakterií rodu Bifidobacterium (The use of ARDRA method for specific identification of new Bifidobacterium strains). In XI. Setkání biochemiků a molekulárních biologů. Brno: Masarykova univerzita, 2007, p. 64-65. ISBN 978-80-210-4234-6.

Basic information

• Original name: Využití metody ARDRA pro druhovou identifikaci nových kmenů bakterií rodu Bifidobacterium
• Name (in English): The use of ARDRA method for specific identification of new Bifidobacterium strains
• Authors: KŠICOVÁ, Kateřina (203 Czech Republic, guarantor), Alena ŠPANOVÁ (203 Czech Republic) and Bohuslav RITTICH (203 Czech Republic).
• Edition: Brno, XI. Setkání biochemiků a molekulárních biologů, p. 64-65, 2 pp. 2007.
• Publisher: Masarykova univerzita

Other information

• Original language: Czech
• Type of outcome: Proceedings paper
• Field of Study: Genetics and molecular biology
• Country of publisher: Czech Republic
• Confidentiality degree: is not subject to a state or trade secret
• RIV identification code: RIV/00216224:14310/07:00022495
• Organization unit: Faculty of Science
• ISBN: 978-80-210-4234-6
• Keywords in English: Bifidobacterium; ARDRA; identification
• Tags: ARDRA, Bifidobacterium, identification

Abstract

Pomocí ARDRA analýzy identifikovat bakteriální kmeny isolované z humánních zdrojů, které byly rodově specifickou PCR zařazeny do rodu Bifidobacterium a které při použití druhově specifických PCR vykazovaly zkřížené reakce a proto nemohly být zařazeny do druhů. Restrikční analýza amplikonu 914bp pomocí restriktáz AluI a Sau3 AI umožnila odlišení druhů B .adolescentis, B. bifidum, B. breve, B. catenulatum, B. infantis a B. longum. Celkem bylo rozlišeno a zařazeno do druhů deset z jedenácti nově isolovaných kmenů. Lze konstatovat, že ARDRA analýza je rychlá a reprodukovatelná identifikační metoda s vysokým diskriminačním potenciálem na úrovni druhu.

Abstract (in English)

ARDRA analysis was used for the identification of 11 selected bacterial strains isolated from human sources. These strains were identified into the genus Bifidobacterium using genus-specific PCR. However they could not be identified into species using species-specific PCR due to the cross reactions. Analysis of genus specific amplicon of 914 bp using restrictases AluI and Sau3AI enabled the differentiation of species B. adolescentis, B. bifidum, B. breve, B. catenulatum, B. infantis and B. longum. Alltogether 10 strains could be identified into species. In conclusion, ARDRA analysis is a quick and reproducible identification procedure with high discrimination potential for individual species.

Links

• MSM0021622415, plan (intention): Name: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Molecular basis of cell and tissue regulations

• QF3169, research and development project: Name: Využití postupů na bázi molekulární genetiky při získávání nových kmenů baktérií s probiotickými vlastnostmi s cílem rozšíření specifických genetických zdrojů pro výrobu funkčních potravin

Investor: Ministry of Agriculture of the CR, The use of procedures on basis of molecular genetics in acquiring of new bacterial strains with probiotic properties with the aim to increase specific genetic sources for production of functional foods