Využití metody ARDRA pro druhovou identifikaci nových kmenů bakterií rodu Bifidobacterium

KŠICOVÁ, Kateřina, Alena ŠPANOVÁ a Bohuslav RITTICH. Využití metody ARDRA pro druhovou identifikaci nových kmenů bakterií rodu Bifidobacterium. In XI. Setkání biochemiků a molekulárních biologů. Brno: Masarykova univerzita, 2007, s. 64-65. ISBN 978-80-210-4234-6.

Základní údaje

• Originální název: Využití metody ARDRA pro druhovou identifikaci nových kmenů bakterií rodu Bifidobacterium
• Název anglicky: The use of ARDRA method for specific identification of new Bifidobacterium strains
• Autoři: KŠICOVÁ, Kateřina (203 Česká republika, garant), Alena ŠPANOVÁ (203 Česká republika) a Bohuslav RITTICH (203 Česká republika).
• Vydání: Brno, XI. Setkání biochemiků a molekulárních biologů, od s. 64-65, 2 s. 2007.
• Nakladatel: Masarykova univerzita

Další údaje

• Originální jazyk: čeština
• Typ výsledku: Stať ve sborníku
• Obor: Genetika a molekulární biologie
• Stát vydavatele: Česká republika
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• Kód RIV: RIV/00216224:14310/07:00022495
• Organizační jednotka: Přírodovědecká fakulta
• ISBN: 978-80-210-4234-6
• Klíčová slova anglicky: Bifidobacterium; ARDRA; identification
• Štítky: ARDRA, Bifidobacterium, identification

Anotace

Pomocí ARDRA analýzy identifikovat bakteriální kmeny isolované z humánních zdrojů, které byly rodově specifickou PCR zařazeny do rodu Bifidobacterium a které při použití druhově specifických PCR vykazovaly zkřížené reakce a proto nemohly být zařazeny do druhů. Restrikční analýza amplikonu 914bp pomocí restriktáz AluI a Sau3 AI umožnila odlišení druhů B .adolescentis, B. bifidum, B. breve, B. catenulatum, B. infantis a B. longum. Celkem bylo rozlišeno a zařazeno do druhů deset z jedenácti nově isolovaných kmenů. Lze konstatovat, že ARDRA analýza je rychlá a reprodukovatelná identifikační metoda s vysokým diskriminačním potenciálem na úrovni druhu.

Anotace anglicky

ARDRA analysis was used for the identification of 11 selected bacterial strains isolated from human sources. These strains were identified into the genus Bifidobacterium using genus-specific PCR. However they could not be identified into species using species-specific PCR due to the cross reactions. Analysis of genus specific amplicon of 914 bp using restrictases AluI and Sau3AI enabled the differentiation of species B. adolescentis, B. bifidum, B. breve, B. catenulatum, B. infantis and B. longum. Alltogether 10 strains could be identified into species. In conclusion, ARDRA analysis is a quick and reproducible identification procedure with high discrimination potential for individual species.

Návaznosti

• MSM0021622415, záměr: Název: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

• QF3169, projekt VaV: Název: Využití postupů na bázi molekulární genetiky při získávání nových kmenů baktérií s probiotickými vlastnostmi s cílem rozšíření specifických genetických zdrojů pro výrobu funkčních potravin

Investor: Ministerstvo zemědělství ČR, Využití postupů na bázi molekulární genetiky při získávání nových kmenů bakterií s probiotickými vlastnostmi s cílem rozšíření specifických genetických zdrojů pro výrobu funkčních potravin