Srovnání pyrosekvenování a komparativní genomové sekvenace u Treponema pallidum subsp. pertenue ...
ZOBANÍKOVÁ, Marie, Michal STROUHAL, Petra MATĚJKOVÁ, Darina ČEJKOVÁ a David ŠMAJS. Srovnání pyrosekvenování a komparativní genomové sekvenace u Treponema pallidum subsp. pertenue Samoa D. In 24. Kongres Československé společnosti mikrobiologické. Abstrakty. Liberec: Československá společnost mikrobiologická, 2007, s. 155-155. ISSN 0009-0646. |
Další formáty:
BibTeX
LaTeX
RIS
|
Základní údaje | |
---|---|
Originální název | Srovnání pyrosekvenování a komparativní genomové sekvenace u Treponema pallidum subsp. pertenue Samoa D. |
Název česky | Srovnání pyrosekvenování a komparativní genomové sekvenace u Treponema pallidum subsp. pertenue Samoa D. |
Název anglicky | Comparison of Pyrosequencing and comparative genome sequencing of Treponema pallidum subsp. pertenue Samoa D |
Autoři | ZOBANÍKOVÁ, Marie (203 Česká republika), Michal STROUHAL (203 Česká republika), Petra MATĚJKOVÁ (203 Česká republika), Darina ČEJKOVÁ (203 Česká republika) a David ŠMAJS (203 Česká republika, garant). |
Vydání | Liberec, 24. Kongres Československé společnosti mikrobiologické. Abstrakty. od s. 155-155, 1 s. 2007. |
Nakladatel | Československá společnost mikrobiologická |
Další údaje | |
---|---|
Originální jazyk | čeština |
Typ výsledku | Stať ve sborníku |
Obor | Genetika a molekulární biologie |
Stát vydavatele | Česká republika |
Utajení | není předmětem státního či obchodního tajemství |
Kód RIV | RIV/00216224:14110/07:00019096 |
Organizační jednotka | Lékařská fakulta |
ISSN | 0009-0646 |
Klíčová slova anglicky | Pyrosequencing; comparative genome sequencing; Treponema pallidum subsp. pertenue Samoa D |
Štítky | comparative genome sequencing, pyrosequencing |
Změnil | Změnil: prof. MUDr. David Šmajs, Ph.D., učo 1116. Změněno: 6. 2. 2008 14:41. |
Anotace |
---|
Kmen Samoa D (Treponema pallidum subsp. pertenue), původce onemocnění yaws, je na úrovni sekvence DNA příbuzný syfilitickému kmeni Nichols (Treponema pallidum subsp. pallidum). Metodou DNA fingerprinting byla zjištěna stejná struktura genomů i stejné pořadí genů obou poddruhů, microarray analýza otevřených čtecích rámců odhalila vysokou sekvenční příbuznost jednotlivých genů (> 99 %). Pro odhalení podstaty rozdílů v klinické manifestaci syfilis a yaws je tedy nezbytné určit kompletní nukleotidovou sekvenci T. pallidum subsp. pertenue. Sekvence genomu kmene Samoa D byla získána pomocí komparativní genomové sekvenace (CGS) a pyrosekvenování. CGS bylo získáno 8 kontigů s 8 mezerami o velikosti 15 - 3850 bp. Pyrosekvenováním bylo získáno 29 kontigů s 29 mezerami o velikosti 1 - 3344 bp. Porovnáním CGS a pyrosekvenování bylo odhaleno 512 odlišností, které byly ověřeny sekvenací podle Sangera. Na chybách způsobených pyrosekvenováním se podílí z 93,6 % delece a inzerce (poměr delecí a inzercí je stejný), z 6,4 % substituce, na chybách způsobených CGS se podílejí z 47,5 % substituce, z 35,7 % delece a z 13,3 % inzerce a z 3,5 % kombinované změny. Z výsledků vyplývá, že CGS chybuje 1,3x častěji než pyrosekvenování.Velký podíl na chybách u pyrosekvenování je dán limitací této metody při zpracování signálu z homopolymerních úseků. Chyby u CGS mohou být způsobeny nepřesností referenční sekvence kmene Nichols. |
Anotace anglicky |
---|
Kmen Samoa D (Treponema pallidum subsp. pertenue), původce onemocnění yaws, je na úrovni sekvence DNA příbuzný syfilitickému kmeni Nichols (Treponema pallidum subsp. pallidum). Metodou DNA fingerprinting byla zjištěna stejná struktura genomů i stejné pořadí genů obou poddruhů, microarray analýza otevřených čtecích rámců odhalila vysokou sekvenční příbuznost jednotlivých genů (> 99 %). Pro odhalení podstaty rozdílů v klinické manifestaci syfilis a yaws je tedy nezbytné určit kompletní nukleotidovou sekvenci T. pallidum subsp. pertenue. Sekvence genomu kmene Samoa D byla získána pomocí komparativní genomové sekvenace (CGS) a pyrosekvenování. CGS bylo získáno 8 kontigů s 8 mezerami o velikosti 15 - 3850 bp. Pyrosekvenováním bylo získáno 29 kontigů s 29 mezerami o velikosti 1 - 3344 bp. Porovnáním CGS a pyrosekvenování bylo odhaleno 512 odlišností, které byly ověřeny sekvenací podle Sangera. Na chybách způsobených pyrosekvenováním se podílí z 93,6 % delece a inzerce (poměr delecí a inzercí je stejný), z 6,4 % substituce, na chybách způsobených CGS se podílejí z 47,5 % substituce, z 35,7 % delece a z 13,3 % inzerce a z 3,5 % kombinované změny. Z výsledků vyplývá, že CGS chybuje 1,3x častěji než pyrosekvenování.Velký podíl na chybách u pyrosekvenování je dán limitací této metody při zpracování signálu z homopolymerních úseků. Chyby u CGS mohou být způsobeny nepřesností referenční sekvence kmene Nichols. |
Návaznosti | |
---|---|
GA310/07/0321, projekt VaV | Název: Komparativní genomové sekvencování patogenních treponem a transkriptomová analýza T. pallidum ssp. pallidum |
Investor: Grantová agentura ČR, Komparativní genomové sekvencování patogenních treponem a transkriptomová analýza T. pallidum ssp. pallidum | |
MSM0021622415, záměr | Název: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací |
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací | |
NR8967, projekt VaV | Název: Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů |
Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. Pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů |
VytisknoutZobrazeno: 21. 9. 2024 20:12