KOZLÍKOVÁ, Barbora, Filip ANDRES a Jiří SOCHOR. Visualization of Tunnels in Protein Molecules. In Computer graphics, virtual reality, visualisation and interaction in Africa AFRIGRAPH '07. October 2007. Grahamstown, South Africa: ACM, 2007. s. 111-118. ISBN 978-1-59593-906-7.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Visualization of Tunnels in Protein Molecules
Název česky Vizualizace tunelů v molekulách proteinů
Autoři KOZLÍKOVÁ, Barbora (203 Česká republika, garant), Filip ANDRES (203 Česká republika) a Jiří SOCHOR (203 Česká republika).
Vydání October 2007. Grahamstown, South Africa, Computer graphics, virtual reality, visualisation and interaction in Africa AFRIGRAPH '07, od s. 111-118, 8 s. 2007.
Nakladatel ACM
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Stať ve sborníku
Obor 10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Stát vydavatele Jižní Afrika
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
WWW URL
Kód RIV RIV/00216224:14330/07:00020597
Organizační jednotka Fakulta informatiky
ISBN 978-1-59593-906-7
UT WoS 000266432000014
Klíčová slova anglicky protein; tunnel; visualization; tetrahedrization; Loop subdivision
Štítky Loop subdivision, PROTEIN, tetrahedrization, tunnel, visualization
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnila: doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D., učo 60850. Změněno: 19. 11. 2007 15:43.
Anotace
This paper presents two novel techniques for visualization of tunnels in complex molecules of proteins. Long-term research in the field of protein analysis proved that the reactivity of the protein molecule depends on the presence of tunnels. These structures are very important mainly in the process of finding new pharmaceuticals. Visualization of a tunnel is the next very important step after the analysis because it enables the biochemists to determine the crucial regions of the tunnel, which can have a substantial effect in the process of designing new medication. Previous methods for the visualization of tunnels define a tunnel as a set of intersecting spheres. Our approach exploits tetrahedra obtained from the process of tunnel analysis based on the Voronoi diagrams and Delaunay tetrahedrization. We proposed two novel algorithms that visualize a tunnel as a surface derived fromthe tetrahedra, which form the boundary constraint of the tunnel in the space of the molecule.
Anotace česky
Tento článek prezentuje dva nové přístupy k vizualizaci tunelů v molekulách proteinů. Dlouhodobý výzkum v oblasti analýzy proteinů prokázal, že schopnost proteinů reagovat s jinou molekulou úzce souvisí s přítomností takzvaných tunelů. Tyto struktury hrají významou úlohu zejména při návrhu nových léčiv. Následným krokem je vizualizace těchto spočtených tunelů, která umožní biochemikovi určit ty části tunelu, které jsou podstatné při tvorbě léčiv. Předchozí vizualizační metody zobrazovaly tunel jako sekvenci protínajících se koulí. Naše nové přístupy využívají pro zobrazení Delaunayho tetrahedrizaci, která vzniká již při procesu hledání tunelů. Nově navržené algoritmy tedy zobrazují tunel jako povrch vygenerovaný ze sekvence tetrahedronů tvořících hranici spočteného tunelu.
Návaznosti
GA201/07/0927, projekt VaVNázev: Vizualizace proteinových struktur
Investor: Grantová agentura ČR, Vizualice proteinových struktur
VytisknoutZobrazeno: 19. 3. 2024 04:14