2007
Limits of Accuracy of RNA Dynamics Studied by Model Free Analysis of C-13 Relaxation
KADEŘÁVEK, Pavel a Radovan FIALAZákladní údaje
Originální název
Limits of Accuracy of RNA Dynamics Studied by Model Free Analysis of C-13 Relaxation
Název česky
Meze správnosti studia dynamiky RNA pomocí model-free analýzy relaxace uhlíku C-13
Autoři
Vydání
1. vyd. Brno, 22nd NMR Valtice, od s. 2-2, 1 s. 2007
Nakladatel
Masarykova Univerzita
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Stať ve sborníku
Obor
10600 1.6 Biological sciences
Stát vydavatele
Česká republika
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Označené pro přenos do RIV
Ano
Kód RIV
RIV/00216224:14310/07:00023225
Organizační jednotka
Přírodovědecká fakulta
ISBN
978-80-86441-38-2
Klíčová slova anglicky
dynamics; NMR spectroscopy; nucleic acid; relaxation; chemical shift anisotropy
Příznaky
Mezinárodní význam
Změněno: 7. 1. 2008 17:42, doc. RNDr. Radovan Fiala, CSc.
V originále
The model free analysis of the relaxation data is one of the possible approaches to the investigation of the internal dynamics via NMR. However, the validity of the model-free approach for C-13 relaxation of nucleic acids has not been tested sufficiently. Especially, the properties of the chemical shielding tensor may not always meet the assumptions on which the model-free approach is based. The goal of this work was to find the conditions under which the model free analysis of the C-13 relaxation rates in nucleic acid bases is applicable with an acceptable accuracy. We have studied the effect for axially symmetric molecules with the ratio of the diffusion coefficients parallel and perpendicular to the axis of the molecule ranging from 2.4 to 8.2, corresponding to DNA duplexes with 12 to 30 base pairs. The results show that the studies of the relaxation behavior at 800 MHz of carbon C6 in pyrimidines are inaccurate for all studied molecules. On the other hand, the relaxation rates at the lowest studied magnetic field corresponding to 400 MHz provide acceptably accurate order parameters for all studied cases except for carbons C6 in pyrimidines and the molecule 30 base pairs long.
Česky
Model-free analýza relaxačních dat je jednou z metod studia interní dynamiky molekul pomocí NMR spektroskopie. Aplikovatelnost model-free přístupu na analýzu C-13 relaxačních dat u uhlíků v bazích nukleových kyselin však nebyla dosud dostatečně prověřena. Cílem této práce je nalézt podmínky, za nichž je tato metoda aplikovatelná s dostatečnou správností. Studovali jsme vliv asymetrie tenzoru chemického stínění pro molekuly s axiálně symetrickým difuzním koeficientem s poměrem složek 2.4 až 8.2, což odpovídá duplexům DNA o 12 až 30 párech bazí. Maximální povolená chyba parametru uspořádání byla 0.05. Výsledky ukazují, že pro atom C6 v pyrimidinových bazích jsou při rezonanční frekvenci vodíku 800 MHz výsledky zatíženy příliš velkou chybou u všech studovaných molekul, zatímco při 400 MHz je chyba přijatelná u všech studovaných molekul s výjimkou molekuly s 30ti páry bazí.
Návaznosti
| LC06030, projekt VaV |
| ||
| MSM0021622413, záměr |
|