Limits of Accuracy of RNA Dynamics Studied by Model Free Analysis of C-13 Relaxation

KADEŘÁVEK, Pavel a Radovan FIALA. Limits of Accuracy of RNA Dynamics Studied by Model Free Analysis of C-13 Relaxation. In 22nd NMR Valtice. 1. vyd. Brno: Masarykova Univerzita, 2007, s. 2-2. ISBN 978-80-86441-38-2.

Základní údaje

• Originální název: Limits of Accuracy of RNA Dynamics Studied by Model Free Analysis of C-13 Relaxation
• Název česky: Meze správnosti studia dynamiky RNA pomocí model-free analýzy relaxace uhlíku C-13
• Autoři: KADEŘÁVEK, Pavel (203 Česká republika) a Radovan FIALA (203 Česká republika, garant).
• Vydání: 1. vyd. Brno, 22nd NMR Valtice, od s. 2-2, 1 s. 2007.
• Nakladatel: Masarykova Univerzita

Další údaje

• Originální jazyk: angličtina
• Typ výsledku: Stať ve sborníku
• Obor: 10600 1.6 Biological sciences
• Stát vydavatele: Česká republika
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• Kód RIV: RIV/00216224:14310/07:00023225
• Organizační jednotka: Přírodovědecká fakulta
• ISBN: 978-80-86441-38-2
• Klíčová slova anglicky: dynamics; NMR spectroscopy; nucleic acid; relaxation; chemical shift anisotropy
• Štítky: chemical shift anisotropy, dynamics, NMR Spectroscopy, nucleic acid, relaxation
• Příznaky: Mezinárodní význam

Anotace

The model free analysis of the relaxation data is one of the possible approaches to the investigation of the internal dynamics via NMR. However, the validity of the model-free approach for C-13 relaxation of nucleic acids has not been tested sufficiently. Especially, the properties of the chemical shielding tensor may not always meet the assumptions on which the model-free approach is based. The goal of this work was to find the conditions under which the model free analysis of the C-13 relaxation rates in nucleic acid bases is applicable with an acceptable accuracy. We have studied the effect for axially symmetric molecules with the ratio of the diffusion coefficients parallel and perpendicular to the axis of the molecule ranging from 2.4 to 8.2, corresponding to DNA duplexes with 12 to 30 base pairs. The results show that the studies of the relaxation behavior at 800 MHz of carbon C6 in pyrimidines are inaccurate for all studied molecules. On the other hand, the relaxation rates at the lowest studied magnetic field corresponding to 400 MHz provide acceptably accurate order parameters for all studied cases except for carbons C6 in pyrimidines and the molecule 30 base pairs long.

Anotace česky

Model-free analýza relaxačních dat je jednou z metod studia interní dynamiky molekul pomocí NMR spektroskopie. Aplikovatelnost model-free přístupu na analýzu C-13 relaxačních dat u uhlíků v bazích nukleových kyselin však nebyla dosud dostatečně prověřena. Cílem této práce je nalézt podmínky, za nichž je tato metoda aplikovatelná s dostatečnou správností. Studovali jsme vliv asymetrie tenzoru chemického stínění pro molekuly s axiálně symetrickým difuzním koeficientem s poměrem složek 2.4 až 8.2, což odpovídá duplexům DNA o 12 až 30 párech bazí. Maximální povolená chyba parametru uspořádání byla 0.05. Výsledky ukazují, že pro atom C6 v pyrimidinových bazích jsou při rezonanční frekvenci vodíku 800 MHz výsledky zatíženy příliš velkou chybou u všech studovaných molekul, zatímco při 400 MHz je chyba přijatelná u všech studovaných molekul s výjimkou molekuly s 30ti páry bazí.

Návaznosti

• LC06030, projekt VaV: Název: Biomolekulární centrum

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Biomolekulární centrum

• MSM0021622413, záměr: Název: Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím