p 2007

Simulace degradace obrazu v optické mikroskopii

KOZUBEK, Michal

Základní údaje

Originální název

Simulace degradace obrazu v optické mikroskopii

Název anglicky

Simulation of image degradation in optical microscopy

Autoři

Vydání

Informatics Colloquium, 2007

Další údaje

Jazyk

čeština

Typ výsledku

Vyžádané přednášky

Obor

10201 Computer sciences, information science, bioinformatics

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Označené pro přenos do RIV

Ne

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

Klíčová slova anglicky

simulation of image formation
Změněno: 8. 1. 2009 19:41, prof. RNDr. Michal Kozubek, Ph.D.

Anotace

V originále

Studium chování algotitmů zpracování obrazu z mikroskopu a srovnání kvality výsledků algoritmů mezi sebou vyžaduje dostupnost tzv. ground truth informace neboli správného (pravdivého) výsledku. Míru kvality výsledku daného algoritmu pak můžeme definovat jako velikost odchylky od této pravdy. Bohužel v drtivé většině aplikací v optické mikroskopii není tato pravda dostupná nebo je nahrazena jejím odhadem expertem (biologem či lékařem). Často mají ale různí experti různé názory na to, co je pravda. Kvalita výsledku algoritmu je pak odhadována subjektivně. Za účelem objektivního hodnocení kvality výsledku jsme vyvinuli simulátor skutečných biologických objektů (buněk a jejich částí) a simulátor degradace obrazu při průchodu optickou soustavou a při vyčítání a převodu do digitální podoby. Obraz simulovaného objektu je podroben virtuálnímu průchodu optickou soustavou a virtuálnímu snímání do paměti počítače. Na takto zkreslený a zašuměný obraz jsou pak aplikovány algoritmy, které se snaží zrestaurovat původní obraz nebo provést nad objekty v obraze měření. Výsledky algoritmů jsou pak porovnány s pravdou, která je v tomto případě dostupná.

Návaznosti

LC535, projekt VaV
Název: Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu v normě a patologii
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu v normě a patologii
MSM0021622419, záměr
Název: Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy
2B06052, projekt VaV
Název: Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů (Akronym: Biomarker)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů