J 2008

Complete genome sequence of Treponema pallidum ssp. pallidum strain SS14 determined with oligonucleotide arrays

MATĚJKOVÁ, Petra, Michal STROUHAL, David ŠMAJS, Steven J. NORRIS, Timothy PALZKILL et. al.

Základní údaje

Originální název

Complete genome sequence of Treponema pallidum ssp. pallidum strain SS14 determined with oligonucleotide arrays

Název česky

Určení kompletní genomové sekvence Treponema pallidum ssp. pallidum kmene SS14 s využitím oligonukleotidové array

Autoři

MATĚJKOVÁ, Petra (203 Česká republika), Michal STROUHAL (203 Česká republika), David ŠMAJS (203 Česká republika, garant), Steven J. NORRIS (840 Spojené státy), Timothy PALZKILL (840 Spojené státy), Joseph F. PETROSINO (840 Spojené státy), Erica SODERGREN (840 Spojené státy), Jason E. NORTON (840 Spojené státy), Jaz SINGH (840 Spojené státy), Todd A. RICHMOND (840 Spojené státy), Michael N. MOLLA (840 Spojené státy), Thomas J. ALBERT (840 Spojené státy) a George M. WEINSTOCK (840 Spojené státy)

Vydání

BMC Microbiology, BioMed Central, 2008, 1471-2180

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

Genetika a molekulární biologie

Stát vydavatele

Spojené státy

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

Impakt faktor

Impact factor: 2.877

Kód RIV

RIV/00216224:14110/08:00024748

Organizační jednotka

Lékařská fakulta

UT WoS

000256297900001

Klíčová slova anglicky

Treponema pallidum ssp. pallidum; strain SS14; oligonucleotide arrays

Štítky

Změněno: 25. 6. 2009 15:47, prof. MUDr. David Šmajs, Ph.D.

Anotace

ORIG CZ

V originále

Syphilis spirochete Treponema pallidum ssp. pallidum remains the enigmatic pathogen, since no virulence factors have been identified and the pathogenesis of the disease is poorly understood. Increasing rates of new syphilis cases per year have been observed recently. The genome of the SS14 strain was sequenced to high accuracy by an oligonucleotide array strategy requiring hybridization to only three arrays (Comparative Genome Sequencing, CGS). Gaps in the resulting sequence were filled with targeted dideoxy-terminators (DDT) sequencing and the sequence was confirmed by whole genome fingerprinting (WGF). When compared to the Nichols strain, 327 single nucleotide substitutions (224 transitions, 103 transversions), 14 deletions, and 18 insertions were found. On the proteome level, the highest frequency of amino acid-altering substitution polymorphisms was in novel genes, while the lowest was in housekeeping genes, as expected by their evolutionary conservation. Evidence was also found for hypervariable regions and multiple regions showing intrastrain heterogeneity in the T. pallidum chromosome. The observed genetic changes do not have influence on the ability of Treponema pallidum to cause syphilitic infection, since both SS14 and Nichols are virulent in rabbit. However, this is the first assessment of the degree of variation between the two syphilis pathogens and paves the way for phylogenetic studies of this fascinating organism.

Česky

Je popsáno určení kompletní genomové sekvence kmene Treponema pallidum ssp. pallidum SS14 s využitím oligonukleotidového čipu.

Návaznosti

GA310/07/0321, projekt VaV
Název: Komparativní genomové sekvencování patogenních treponem a transkriptomová analýza T. pallidum ssp. pallidum
Investor: Grantová agentura ČR, Komparativní genomové sekvencování patogenních treponem a transkriptomová analýza T. pallidum ssp. pallidum
MSM0021622415, záměr
Název: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací
NR8967, projekt VaV
Název: Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů
Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. Pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů