31P Chemical Shift Tensors for Canonical and Non-Canonical Nucleic Acid Conformations: DFT Calculations and NMR Implications.

PŘECECHTĚLOVÁ, Jana, Petr PADRTA, Markéta MUNZAROVÁ a Vladimír SKLENÁŘ. 31P Chemical Shift Tensors for Canonical and Non-Canonical Nucleic Acid Conformations: DFT Calculations and NMR Implications. Journal of Physical Chemistry B. American Chemical Society, 2008, roč. 112, č. 11, s. 3470-3478. ISSN 1520-6106.

Základní údaje

• Originální název: 31P Chemical Shift Tensors for Canonical and Non-Canonical Nucleic Acid Conformations: DFT Calculations and NMR Implications.
• Název česky: Tenzory 31P chemickeho posunu pro kanonické a nekanonické konformace nukleových kyselin. DFT výpočty a NMR implikace.
• Autoři: PŘECECHTĚLOVÁ, Jana (203 Česká republika), Petr PADRTA (203 Česká republika), Markéta MUNZAROVÁ (203 Česká republika) a Vladimír SKLENÁŘ (203 Česká republika, garant).
• Vydání: Journal of Physical Chemistry B, American Chemical Society, 2008, 1520-6106.

Další údaje

• Originální jazyk: angličtina
• Typ výsledku: Článek v odborném periodiku
• Obor: 10403 Physical chemistry
• Stát vydavatele: Česká republika
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• Impakt faktor: Impact factor: 4.189
• Kód RIV: RIV/00216224:14310/08:00026071
• Organizační jednotka: Přírodovědecká fakulta
• UT WoS: 000253945900027
• Klíčová slova anglicky: NMR chemical shift tensor 31P nucleic acids RDC
• Příznaky: Mezinárodní význam, Recenzováno

Anotace

31P chemical shift anisotropy (CSA) tensors have been calculated for a set of selected DNA and RNA backbone conformations using density functional theory. The set includes canonical A-RNA, A-DNA, BI-DNA, BII-DNA, ZI-DNA, ZII-DNA as well as four A-RNA-type, seven non-A-RNA-type, and three non-canonical DNA conformations. Hexahydrated dimethyl phosphate has been employed as a model. The 31P chemical shift tensors obtained are discussed in terms of similarities in the behavior observed for gauche-gauche (gg) and gauche-trans (gt) conformations around the PO bonds. We show that torsion angles are major determinants of the isotropic chemical shift. The 31P CSA tensors exhibit considerable variations resulting in large spans of its components. We examine the consequences of the CSA variations for predicting the chemical shift changes upon partial alignment and on the values of CSA order parameters extracted from the analysis of 31P NMR relaxation data.

Anotace česky

31P chemical shift anisotropy (CSA) tensors have been calculated for a set of selected DNA and RNA backbone conformations using density functional theory. The set includes canonical A-RNA, A-DNA, BI-DNA, BII-DNA, ZI-DNA, ZII-DNA as well as four A-RNA-type, seven non-A-RNA-type, and three non-canonical DNA conformations. Hexahydrated dimethyl phosphate has been employed as a model. The 31P chemical shift tensors obtained are discussed in terms of similarities in the behavior observed for gauche-gauche (gg) and gauche-trans (gt) conformations around the PO bonds. We show that torsion angles are major determinants of the isotropic chemical shift. The 31P CSA tensors exhibit considerable variations resulting in large spans of its components. We examine the consequences of the CSA variations for predicting the chemical shift changes upon partial alignment and on the values of CSA order parameters extracted from the analysis of 31P NMR relaxation data.

Návaznosti

• LC06030, projekt VaV: Název: Biomolekulární centrum

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Biomolekulární centrum

• MSM0021622413, záměr: Název: Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím