Genome size in Cyperaceae

BUREŠ, Petr, František ZEDEK, Petr ŠMARDA, Olga ROTREKLOVÁ a Ivana HRALOVÁ. Genome size in Cyperaceae. In The Comparative Biology of the Monocotyledons. 2008. ISBN 978-87-87772-03-7.

Základní údaje

• Originální název: Genome size in Cyperaceae
• Název česky: Velikost genomu u šáchorovitých
• Autoři: BUREŠ, Petr (203 Česká republika, garant, domácí), František ZEDEK (203 Česká republika, domácí), Petr ŠMARDA (203 Česká republika, domácí), Olga ROTREKLOVÁ (203 Česká republika, domácí) a Ivana HRALOVÁ (203 Česká republika, domácí).
• Vydání: The Comparative Biology of the Monocotyledons, 2008.

Další údaje

• Originální jazyk: angličtina
• Typ výsledku: Konferenční abstrakt
• Obor: 10600 1.6 Biological sciences
• Stát vydavatele: Dánsko
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• Kód RIV: RIV/00216224:14310/08:00024944
• Organizační jednotka: Přírodovědecká fakulta
• ISBN: 978-87-87772-03-7
• Klíčová slova anglicky: base composition; Carex; chromosome size; Eleocharis; polyploidy
• Štítky: base composition, Carex, chromosome size, Eleocharis, polyploidy
• Příznaky: Mezinárodní význam

Anotace

In Cyperaceae the detection of polyploidy is complicated by chromosomal fusion and fragmentation (symploidy and agmatoploidy) due to holokinetic nature of chromosomes. Studying karyotype and genome size in Cyperaceae, we combined molecular methods, flow cytometry, and chromosome counts in Carex and Eleocharis. These genera are contrasting in number of species, evolutionary centres, ecological diversification, but mainly in genome size and chromosome size variation, which is in Eleocharis one of the largest known among angiosperm genera (from 8.1 to 296 Mbp). We analysed the following genomic parameters: genome size, chromosome number, chromosome size, AT/GC composition, Ty3-gypsy and Ty1-copia retrotransposons diversity and amount. Evolutionary dynamics of these species-specific parameters mapped onto phylogeny based on molecular sequence markers (ITS, trnL-F) was used for the evaluation of the role of: polyploidy, agmatoploidy, symploidy, and retrotransposon amplification or removal.

Anotace česky

V čeledi Cyperaceae je detekce polyploidie komplikovaná chromosomálními fúzemi a fragmentacemi (symploidie a agmatoploidie) v důsledku holokineticé povahy chromosomů. Studujíc karyotyp velikost genomu u Cyperaceae, jsme kombinovali molekulární metody, flow cytometrii a počítání chromosomů u Carex a Eleocharis. Tyto rody kontrastují počtem druhů, evolučními centry, ekologickou diversifikací, ale hlavně variabilitou velikostí genomu a chromosomů, která je u Eleocharis jedna z největších mezi rody krytosemenných rostlin (od 8.1 do 296 Mbp). Analyzovali jsme genomické parametry: velikost genomu, počet chromosomů, velikost chromosomů, AT/GC poměr, Ty3-gypsy a Ty1-copia retrotransposonovou diversitu a množství. Evoluční dynamika těchto druhopvě specifických parametrů mapovaná na fylogenetické vztahy, vycházející ze sekvenčních markerů (ITS, trnL-F) byla použita pro zhodnocení role polyploidie, agmatoploidie, symploidie, a retrotransposonové aktivity.

Návaznosti

• GP206/08/P222, projekt VaV: Název: Evoluce GC obsahu a genomu trav

Investor: Grantová agentura ČR, Evoluce GC obsahu a genomu trav

• LC06073, projekt VaV: Název: Centrum pro výzkum biodiverzity

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Centrum pro výzkum biodiverzity

• MSM0021622416, záměr: Název: Diverzita biotických společenstev a populací: kauzální analýza variability v prostoru a čase

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Diverzita biotických společenstev: kauzální analýza variability v prostoru a čase