2008
Geometrical and Electronic Structure Variability of the Sugar-phosphate Backbone in Nucleic Acids
SVOZIL, Daniel; Judit SPONER; Ivan MARCHAN; Alberto PEREZ; Thomas CHEATHAM et al.Základní údaje
Originální název
Geometrical and Electronic Structure Variability of the Sugar-phosphate Backbone in Nucleic Acids
Název česky
Geometrická a elektronická strukturní variabilita cukr-fosfátové páteře v nukleových kyselinách.
Autoři
SVOZIL, Daniel; Judit SPONER; Ivan MARCHAN; Alberto PEREZ; Thomas CHEATHAM; Ferda FORTI; Javier LUQUE; Modesto OROZCO a Jiri SPONER
Vydání
Journal of Physical Chemistry B, 2008, 1520-6106
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Článek v odborném periodiku
Obor
10610 Biophysics
Stát vydavatele
Česká republika
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Impakt faktor
Impact factor: 4.189
Označené pro přenos do RIV
Ano
Kód RIV
RIV/00216224:14310/08:00026550
Organizační jednotka
Přírodovědecká fakulta
UT WoS
Klíčová slova anglicky
Molecular dynamics; force field; quantum chemistry; nucleic acids
Změněno: 24. 6. 2009 10:38, prof. RNDr. Jiří Šponer, DrSc.
V originále
Quantum chemistry was used to describe alpha/gamma energetics and to access Amber force field parm99 and parmbsc0. This was tested on two models systems: SPM consisting of a sugar and methyl group linked through a phosphodiester bond and SPSOM consisting of two deoxyribose residues (without the bases) connected via a phosphodiester bond. A comparison of the ab initio data with the ff99 potential energy surface clearly reveals an incorrect ff99 force-field description in the regions where the gamma torsion is in the trans conformation.
Česky
Kvantová chemie byla využita k popisu energetiky alfa/gama a k ohodnocení ambrovských silových polí parm99 a parmbsc0. Byly testovány dva modelové systémy: SPM sestávající se z cukru a methylové skupiny připojené přes fosfodiesterovou vazbu a SPSOM sestávající se z dvou deoxyribóz (bez bází) spojených přes fosfodiesterovou vazbu. Srovnání ab intio dat s potenciální energií silového pole parm99 jasně ukazuje, že parm99 nesprávně popisuje region kde gama torze je v trans konformaci.
Návaznosti
| MSM0021622413, záměr |
|