2008
Computation of more channels in protein molecules
BENEŠ, Petr, Petr MEDEK a Jiří SOCHORZákladní údaje
Originální název
Computation of more channels in protein molecules
Název česky
Metody výpočtu více tunelů v molekulách proteinů
Autoři
BENEŠ, Petr (203 Česká republika, garant), Petr MEDEK (203 Česká republika) a Jiří SOCHOR (203 Česká republika)
Vydání
Aire-la-Ville, Switzerland, Proceedings of Visual Computing for Biomedicine, od s. 45-51, 7 s. 2008
Nakladatel
Eurographics Association
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Stať ve sborníku
Obor
20206 Computer hardware and architecture
Stát vydavatele
Švýcarsko
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Kód RIV
RIV/00216224:14330/08:00024968
Organizační jednotka
Fakulta informatiky
ISBN
978-3-905674-13-2
Klíčová slova anglicky
more channels;channel computation;protein;molecule
Štítky
Příznaky
Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 25. 1. 2010 12:24, RNDr. Petr Beneš, Ph.D.
V originále
In the process of designing drugs it is crucial to perform various analyses of cavities and channels in protein molecules. Chemists also require that more than one ideal channel be computed in a static protein molecule. Three basic approaches for computation of more than a single channel were introduced in recent publications. However, these approaches have several disadvantages. In this paper we propose a new adaptive method for computation of more channels. This new method is piloted on a real data and results are compared with channels identified by chemists as relevant. The comparison indicates that this method is a significant improvement over previous methods, as the method computes less number of similar and biochemically insignificant channels.
Česky
V procesu návrhu léků je potřeba provádět různé analýzy dutin a tunelů v molekulách proteinů. Chemici vyžadují, aby byl vypočítán více než jeden tunel pro každou molekulu. Základní přístupy byly formulovány v nedávných publikacích. Tyto přístupy mají několik nevýhod. V této publikaci prezentujeme novou adaptivní metodu pro výpočet více tunelů. Nová metoda je otestována na reálných datech a výsledky jsou porovnány s anotovanými daty. Porovnání naznačuje, že tato metoda je výrazným zlepšením předchozích metod, protože počítá menší množství podobných biochemicky nedůležitých tunelů.
Návaznosti
| GA201/07/0927, projekt VaV |
| ||
| LC06008, projekt VaV |
|