BOUCHAL, Pavel, Theodoros ROUMELIOTIS, Roman HRSTKA, Rudolf NENUTIL, Bořivoj VOJTĚŠEK and Spiros D. GARBIS. Biomarker discovery in low grade breast cancer using isobaric stable isotope tags and two-dimensional liquid chromatography-tandem mass spectrometry (iTRAQ-2DLC-MS/MS) based quantitative proteomic analysis. In Biomarker Discovery Europe. 2008.
Other formats:   BibTeX LaTeX RIS
Basic information
Original name Biomarker discovery in low grade breast cancer using isobaric stable isotope tags and two-dimensional liquid chromatography-tandem mass spectrometry (iTRAQ-2DLC-MS/MS) based quantitative proteomic analysis
Name in Czech Detekce potenciálních biomarkerů karcinomu prsu nízkého stupně malignity pomocí proteomové analýzy na principu isobarického značení stabilními izotopy, dvourozměrné chromatografie a tandemové hmotnostní spektrometrie (iTRAQ-2DLC-MS/MS)
Authors BOUCHAL, Pavel, Theodoros ROUMELIOTIS, Roman HRSTKA, Rudolf NENUTIL, Bořivoj VOJTĚŠEK and Spiros D. GARBIS.
Edition Biomarker Discovery Europe, 2008.
Other information
Original language English
Type of outcome Conference abstract
Field of Study 10600 1.6 Biological sciences
Country of publisher Ireland
Confidentiality degree is not subject to a state or trade secret
Organization unit Faculty of Medicine
Keywords in English Biomarker discovery; iTRAQ-2DLC-MS/MS; breast cancer
Tags Biomarker discovery, breast cancer, iTRAQ-2DLC-MS/MS
Tags International impact
Changed by Changed by: doc. Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D., učo 8757. Changed: 13/11/2008 18:28.
Abstract
The present pilot study constitutes a proof-of-principle in the use of proteomic method incorporating iTRAQ stable isotope labeling, two-dimensional liquid chromatography, nanoelectrospray ionization and high resolution tandem mass spectrometry using the hybrid QqTOF platform (iTRAQ-2DLC-MS/MS) for the comparative analysis of two low-grade breast primary tumor tissues with and without metastases and metastasis in lymph node relative to the nonmetastatic tumor type. The principal aims of this study were (1) to define the protein spectrum obtainable using this approach, and (2) to highlight potential candidates for verification and validation studies focused on biomarkers involved in metastatic processes in low-grade breast cancer. The study resulted in the reproducible identification of 605 nonredundant proteins (p<0.05). A quantitative comparison revealed 3/3 proteins with significantly increased/decreased level in metastatic primary tumor and 13/6 proteins with increased/decreased level in lymph node metastasis compared to nonmetastatic primary tumor (p<0.01). Changes in selected differentially expressed proteins were verified with qRT-PCR with good intra-assay correlation.
Abstract (in Czech)
Prezentovaná studie představuje první využití metody proteomové analýzy na principu kombinace značení stabilními izotopy, dvourozměrné chromatografie a tandemové hmotnostní spektrometrie (iTRAQ-2DLC-MS/MS) pro srovnání proteinového složení dvou primárních nádorů prsu nízkého stupně malignity (metastazující a nemetastazující) a metastáze v lymfatické uzlině. Hlavními cíli studie bylo: (1) definovat proteinové spektrum detegovatelné touto metodou a (2) odhalit protenciální kandidátní biomarkery pro následné ověřovací a validační studie. Pomocí studie bylo detegováno 605 proteinů (p<0.05), z nichž 3/3 proteiny měly zvýšenou/sníženou hladinu v metastazujícím primárním nádoru a 13/6 proteinů mělo zvýšenou/sníženou hladinou v metastázi v lymfatické uzlině ve srovnání s nemetastazujícím primárním nádorem. Změny v hladinách vybraných proteinů byly úspěšně validovány pomocí kvantitativní PCR v reálném čase.
Links
GP203/07/P471, research and development projectName: Studium molekulárních mechanismů adaptace bakterií na změny prostředí pomocí proteomických technik
Investor: Czech Science Foundation, The study of molecular mechanisms of bacterial adaptation to environmental changes using proteomic techniques
LC06035, research and development projectName: Centrum biofyzikální chemie, bioelektrochemie a bioanalýzy. Nové nástroje pro genomiku, proteomiku a biomedicínu.
Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Centre of Biophysical Chemistry, Bioelectrochemistry and Bioanalysis. New Tools for Genomics, Proteomics and Biomedicine
MSM0021622413, plan (intention)Name: Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Proteins in metabolism and interaction of organisms with the environment
MZ0MOU2005, plan (intention)Name: Funkční diagnostika zhoubných nádorů
PrintDisplayed: 20/7/2024 08:32