2008
Quantitative determination of intracellular adenine nucleotides and coenzymes from bacterium Paracoccus denitrificans toward to targeted metabolome analysis
MUSILOVÁ, Jindra; Vojtěch SEDLÁČEK; Kateřina PILÁTOVÁ; Igor KUČERA; Zdeněk GLATZ et al.Základní údaje
Originální název
Quantitative determination of intracellular adenine nucleotides and coenzymes from bacterium Paracoccus denitrificans toward to targeted metabolome analysis
Název česky
Metabolomická analýza intracelulárních adeninových nukleotidů a koenzymů bakterie Paracoccus denitrificans
Vydání
Brno, Česká republika, Book of Abstracts CECE 2008, od s. 46-47, 2 s. 2008
Nakladatel
dr. František Foret
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Stať ve sborníku
Obor
10600 1.6 Biological sciences
Stát vydavatele
Česká republika
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Označené pro přenos do RIV
Ne
Organizační jednotka
Přírodovědecká fakulta
ISBN
978-80-254-3194-8
Klíčová slova anglicky
Target metabolome analysis; metabolite extraction
Změněno: 18. 12. 2008 10:01, Mgr. Jindra Smutná, Ph.D.
V originále
Metabolomics (metabolome analysis) is comprehensive analysis of small molecules (metabolites) in the cell. Because of the large differences in abundance and wide diversity in physicochemical properties of metabolites in organism the metabolome analysis is a difficult analytical task. So several approaches of metabolomics studies are known; e.g. the targeted metabolome analysis is focused only on quantitation of specific metabolites or metabolite classes. The development of robust a consistent experimental protocol for all steps in the procedure ranging from biomass cultivation, metabolism quenching and metabolite extraction to the quantitative analysis is required. The main aim of this study was to optimize procedure for isolation and concentration of targeted metabolites from the biological matrix of bacterium Paracoccus denitrificans with the least possible losses. Organic solvents like methanol, ethanol, acetonitrile and others are often used for extraction of intracellular metabolites from bacterial cells. In this consequence these extraction media were tested: 20, 50, 80 and 100 % methanol, ethanol, acetonitrile and furthermore mixture of acetonitrile:methanol:water (40:40:20), mixture of acidic (0.1 M formic acid containing) organic solvents and mixtures of basic (0.1 M NH4OH containing) organic solvents. Metabolite yields of individual extractions were measured by already optimized CZE method with UV detection and compared each other.
Česky
Metabolomika je definována jako kompletní analýza malých molekul (metabolitů) v daném organismu nebo v buňce za daného metabolického stavu. Z důvodu velkého množství a rozdílných chemických vlastností těchto všech metabolitů je to velmi nelehký úkol. Proto existuje více přístupů při studiu metabolomiky, např. cílená metabolomická analýza, kdy jsou analyzovány pouze specifické vybrané metabolity nebo metabolomická třída. Při těchto studiích je nezbytné vyvinout experimentální protokol zahrnující všechny kroky celé procedury, počínaje kultivací biomasy a zhášení metabolismu, přes extrakci metabolitů až po analýzu. Hlavním účelem této práce bylo zoptimalizovat postup pro izolaci a koncentraci adeninových nukleotidů a koenzymů z biologického matrix bakterie Paracoccus denitrificans s co možná nejmenšími ztrátami. Pro tyto účely byly testovány extrakční činidla jako metanol etanol a acetonitril v různých (20, 50, 80 a 100 %) koncentracích.
Návaznosti
| GA203/06/1179, projekt VaV |
| ||
| LC06023, projekt VaV |
| ||
| MSM0021622413, záměr |
|