cDNA Microarray: Gene Expression Profiling of Small Cell Populations

PETERKOVÁ, Martina, Irena KOUTNÁ, Lenka TESAŘOVÁ, Michaela POTĚŠILOVÁ, Zdeněk RUČKA, Viera HRABČÁKOVÁ a Martin KLABUSAY. cDNA Microarray: Gene Expression Profiling of Small Cell Populations. 2008.

Základní údaje

• Originální název: cDNA Microarray: Gene Expression Profiling of Small Cell Populations
• Název česky: cDNA Microarray: Expresní profilování malých buněčných pupulací
• Autoři: PETERKOVÁ, Martina (203 Česká republika), Irena KOUTNÁ (203 Česká republika, garant), Lenka TESAŘOVÁ (203 Česká republika), Michaela POTĚŠILOVÁ (203 Česká republika), Zdeněk RUČKA (203 Česká republika), Viera HRABČÁKOVÁ (703 Slovensko) a Martin KLABUSAY (203 Česká republika).
• Vydání: 2008.

Další údaje

• Originální jazyk: angličtina
• Typ výsledku: Konferenční abstrakt
• Obor: Genetika a molekulární biologie
• Stát vydavatele: Rakousko
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• Kód RIV: RIV/00216224:14330/08:00027029
• Organizační jednotka: Fakulta informatiky
• Klíčová slova anglicky: cDNA microarray; RNA isolation; RNA amplifiacation; CD34+ cells
• Štítky: cbia-web, CD34+ cells, cDNA microarray, RNA amplifiacation, RNA isolation
• Příznaky: Mezinárodní význam

Anotace

cDNA microarray technology is widely used in various biological and medical disciplines to determine gene expression profiles. Unfortunately, this technology requires a large quantity of input RNA. Since there is an increasing need to analyze more precisely defined cell sub-populations with low cell counts, working protocols using a minimal number of input cells are needed. Optimal RNA isolation and its accurate amplification are crucial to the success of these protocols. The goal was to find the best method of isolating and amplifying RNA from a small number of cells. We used the HL60 cell line in the search for a suitable protocol that could be applied to clinical samples of CD34+ hematopoietic cells. These cells make up only a very small population in bone marrow (1- 4% of all cells). Our evaluation of various methods and kits available in the market revealed that the combination of RNAqueous Kit (Ambion, USA) for RNA isolation and the SenseAmp Plus Kit (Genisphere, USA) for linear one-round RNA amplification produced the best results. The agreement of the expression ratio for genes detected in unamplified RNA and amplified RNA was 97.6 %. This verified protocol describes a reliable and reproducible method for producing enough input RNA for microarray experiments when the number of cells is limited.

Anotace česky

Technologie cDNA microarray je hojně využívána v biologických a medicínských oborech pro stanovení genových expresních profilů. Tato technologie vyžaduje velké množství vstupní RNA. Bohužel, pokud pracujeme s malými subpopulacemi buněk, pak je problém se získáním dostatečného množství RNA. Právě proto je potřeba mít k dispozici optimalizovaný protokol pro izolaci a amplifikaci RNA. Cílem bylo najít nejvhodnější metodu izolace a amplifikace RNA z malého množství buněk. Nejprve jsme protokol testovali na buněčné linii HL60 a pak jsme ho aplikovali na hematopoetické buňky CD34+. Po zhodnocení různých metod jsme došli k závěru, že nejlepší kombinace je RNAqueous kit (Ambion, USA) pro izolaci RNA a SenseAmp Plus kit (Genisphere, USA) pro amplifikaci RNA. Při porovnání amplifikovaných a neamplifikovaných vzorků jsme vypočítali shodou 97.6. Tento protokol popisuje spolehlivou metodu pro uskutečnění microarray experimentu z limitovaného množství buněk.

Návaznosti

• LC535, projekt VaV: Název: Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu v normě a patologii

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu v normě a patologii

• MSM0021622430, záměr: Název: Funkční a molekulární charakteristiky nádorových a normálních kmenových buněk - identifikace cílů pro nová terapeutika a terapeutické strategie

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Funkční a molekulární charakteristiky nádorových a normálních kmenových buněk - identifikace cílů pro nová terapeutika a terapeutické strategie

• 2B06052, projekt VaV: Název: Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů (Akronym: Biomarker)

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů