Acquiarium version 1.6

MATULA, Pavel, Ondřej DANĚK, Martin MAŠKA a Marek VINKLER. Acquiarium version 1.6. 2008.

Základní údaje

• Originální název: Acquiarium version 1.6
• Název česky: Acquiarium verze 1.6
• Autoři: MATULA, Pavel (203 Česká republika, garant, domácí), Ondřej DANĚK (203 Česká republika, domácí), Martin MAŠKA (203 Česká republika, domácí) a Marek VINKLER (203 Česká republika, domácí).
• Vydání: 2008.

Další údaje

• Originální jazyk: angličtina
• Typ výsledku: Software
• Obor: 20200 2.2 Electrical engineering, Electronic engineering, Information engineering
• Stát vydavatele: Česká republika
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• WWW: URL
• Kód RIV: RIV/00216224:14330/08:00027695
• Organizační jednotka: Fakulta informatiky
• Klíčová slova anglicky: image acquisition; image correction; automated image analysis; fluorescence microscopy
• Technické parametry: free software distributed as binaries; written in C++ language, version 1.6
• Štítky: automated image analysis, fluorescence microscopy, image acquisition, image correction
• Příznaky: Mezinárodní význam

Anotace

Acquiarium 1.6 is free software for solving the common pipeline of many spatial cell studies using fluorescence microscopy. It addresses image capture, raw image correction, image segmentation, quantification of segmented objects and their spatial arrangement, volume rendering, and statistical evaluation. The software is designed for processing of a collection of many 3D images. It can be used for analysis of a collection of 2D images or time lapse series of 2D or 3D images as well. It has a modular design and is extensible via plug-ins.

Anotace česky

Acquiarium 1.6 je volně šiřitelný software pro provádění prostorových studií na buňkách pomocí fluorescenční mikroskopie. Software řeší snímání obrazu, korekce nasnímaných dat, segmentaci obrazu, kvantifikaci segmentovaných objektů a jejich prostorového rozložení, objemové vizualizace a statistické vyhodnocení. Software je navržen pro zpracování kolekce mnoha 3D obrazů. Může však být použit i pro analýzu kolekce 2D obrazů, nebo časových sérií 2D nebo 3D obrazů. Software je modulární a rozšiřitelný pomocí zásuvných modulů.

Návaznosti

• 2B06052, projekt VaV: Název: Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů (Akronym: Biomarker)

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů