Informační systém Masarykovy univerzity 

On Algorithmic Analysis of Transcriptional Regulation by LTL Model Checking

česky | in English

BARNAT, Jiří, Luboš BRIM, Ivana ČERNÁ, Sven DRAŽAN, Jana FABRIKOVÁ a David ŠAFRÁNEK. On Algorithmic Analysis of Transcriptional Regulation by LTL Model Checking. Theoretical Computer Science, 2009, roč. 2009, č. 410, s. 3128-3148. ISSN 0304-3975.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název On Algorithmic Analysis of Transcriptional Regulation by LTL Model Checking
Název česky Algoritmická analýza transkripční regulace s využitím metody ověřování modelů
Autoři BARNAT, Jiří (203 Česká republika, domácí), Luboš BRIM (203 Česká republika, domácí), Ivana ČERNÁ (203 Česká republika, domácí), Sven DRAŽAN (203 Česká republika, domácí), Jana FABRIKOVÁ (203 Česká republika, domácí) a David ŠAFRÁNEK (203 Česká republika, garant, domácí).
Vydání Theoretical Computer Science, 2009, 0304-3975.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek v odborném periodiku
Obor Informatika
Stát vydavatele Česká republika
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
WWW URL
Impakt faktor Impact factor: 0.943
Kód RIV RIV/00216224:14330/09:00029225
Organizační jednotka Fakulta informatiky
UT WoS 000268921500007
Klíčová slova anglicky Genetic regulatory network; Piecewise-linear approximation; Model checking
Štítky Genetic regulatory network, Model checking, Piecewise-linear approximation
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnil: prof. RNDr. Luboš Brim, CSc., učo 197. Změněno: 2. 2. 2011 09:33.
Anotace
This paper is focused on the model checking approach for analysis of piecewise-linear deterministic models of genetic regulatory networks. Firstly, the qualitative simulation algorithm of de Jong et.al. that builds the heart of Genetic Network Analyzer (GNA) is revisited and its time complexity is studied in detail. Secondly, a novel algorithm that reduces the state space generation time is introduced. The new algorithm is developed as an abstraction of the original GNA algorithm. Finally, a fragment of linear time temporal logic for which the provided abstraction is conservative is identified. Efficiency of the new algorithm when implemented in the parallel model checking environment is demonstrated on a set of experiments performed on randomly modified biological models. In general, the achieved results bring a new insight into the field of qualitative simulation emerging in the context of systems biology.
Anotace česky
Článek přináší výsledek v oblasti algoritmické analýzy modelů dynamiky genetických regulačních sítí. Z teoretického hlediska je analyzována (exponenciální) složitost výpočtu de Jongova algoritmu pro kvalitativní analýzu genetických regulačních sítí prostřednictvím metody ověřování modelů. Na základě této analýzy je navržena abstrakce snižující třídu exponenciality časové složitosti výpočtu. V článku je rovněž identifikován fragment lineární temporální logiky, pro nějž je navrhovaná abstrakce systému konzervativní. V praktické části článku jsou prezentovány experimenty na nichž je porovnána původní verze algoritmu s verzí abstrahovanou.
Návaznosti
GA201/09/1389, projekt VaVNázev: Verifikace a analýza velmi velkých počítačových systémů
Investor: Grantová agentura ČR, Standardní projekty
MSM0021622419, záměrNázev: Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Výzkumné záměry
VytisknoutZobrazeno: 20. 9. 2017 23:42

Relevantní odkazy 


Nahoru | Aktuální datum a čas: 20. 9. 2017 23:42, 38. (sudý) týden

Kontakty: istech(zavináč/atsign)fi(tečka/dot)muni(tečka/dot)cz, studijní odd., správci práv, is-technici, e-technici, IT podpora | Použití cookies | Více o Informačním systému