MATULA, Pavel, Martin MAŠKA, Ondřej DANĚK, Petr MATULA a Michal KOZUBEK. Acquiarium: Free Software for the Acquisition and Analysis of 3D Images of Cells in Fluorescence Microscopy. In IEEE International Symposium on Biomedical Imaging. Boston: IEEE, 2009. s. 1138-1141. ISBN 978-1-4244-3932-4.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Acquiarium: Free Software for the Acquisition and Analysis of 3D Images of Cells in Fluorescence Microscopy
Název česky Acquiarium: Volný software na snímání a analýzy 3D obrazů buněk ve fluorescenční mikroskopii
Autoři MATULA, Pavel (203 Česká republika, garant, domácí), Martin MAŠKA (203 Česká republika, domácí), Ondřej DANĚK (203 Česká republika, domácí), Petr MATULA (203 Česká republika, domácí) a Michal KOZUBEK (203 Česká republika, domácí).
Vydání Boston, IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, od s. 1138-1141, 4 s. 2009.
Nakladatel IEEE
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Stať ve sborníku
Obor 20206 Computer hardware and architecture
Stát vydavatele Spojené státy
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
Forma vydání elektronická verze "online"
WWW URL
Kód RIV RIV/00216224:14330/09:00035583
Organizační jednotka Fakulta informatiky
ISBN 978-1-4244-3932-4
ISSN 1945-7936
UT WoS 000270678400290
Klíčová slova česky volný software; fluorescenční mikroskopie; pořizování obrazu; 3D obrazová analýza; obrazová cytometrie
Klíčová slova anglicky free software; fluorescence microscopy; image acqusition; 3D image analysis; image cytometry
Štítky cbia-web
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnil: doc. RNDr. Martin Maška, Ph.D., učo 60734. Změněno: 13. 12. 2015 02:07.
Anotace
This paper describes free software (called Acquiarium, http://cbia.fi.muni.cz/acquiarium.html) for carrying out the common pipeline of many spatial cell studies using fluorescence microscopy. It addresses image capture, raw image correction, image segmentation, the quantification and spatial arrangement of segmented objects, volume rendering, and statistical evaluation. The software is designed for the easy processing of a collection of many 3D images. It can be used for the analysis of a collection of 2D images or time lapse series of 2D or 3D images as well. It has a modular design and is extensible via plug-ins. The paper gives an overview of the software and its key design ideas.
Anotace česky
Článek popisuje volný software (nazývaný Acquiarium, http://cbia.fi.muni.cz/acquiarium.html) k provádění sledu kroků, který se objevuje v mnoha studiích buněk pomocí fluorescenční mikroskopie. Software pojímá zachycení obrazu, korekci surových dat, segmentaci obrazu, kvantifikaci a prostorová měření segmentovaných objektů, objemové vizualizace, a statistické vyhodnocení. Software je navržen pro snadné zpracování kolekce mnoha 3D obrazů. Může však být použitý i pro analýzu kolekce 2D obrazu nebo časové série 2D nebo 3D obrazů. Má modulární návrh a je rozšiřitelný pomocí zásuvných modulů. Článek podává základní přehled o softwarů a jeho klíčových myšlenkách.
Návaznosti
2B06052, projekt VaVNázev: Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů (Akronym: Biomarker)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů
VytisknoutZobrazeno: 10. 12. 2023 18:51