Detailed Information on Publication Record
2008
Zmapovanie interakcií kolicínov U a Y s receptorom OmpA
BOSÁK, Juraj and David ŠMAJSBasic information
Original name
Zmapovanie interakcií kolicínov U a Y s receptorom OmpA
Name in Czech
Zmapovanie interakcií kolicínov U a Y s receptorom OmpA
Name (in English)
Mapping the interactions of colicins U and Y with their receptor OmpA
Authors
BOSÁK, Juraj (703 Slovakia, guarantor) and David ŠMAJS (203 Czech Republic)
Edition
XVII. Tomáškovy dny. Sborník abstraktů, str. 2-3, Brno, 2008
Other information
Language
Slovak
Type of outcome
Konferenční abstrakt
Field of Study
Genetics and molecular biology
Country of publisher
Czech Republic
Confidentiality degree
není předmětem státního či obchodního tajemství
RIV identification code
RIV/00216224:14110/08:00027995
Organization unit
Faculty of Medicine
Keywords (in Czech)
outer membrane protein A; OmpA; koliciny U Y K L; E. coli
Keywords in English
outer membrane protein A; OmpA; colicins U Y K L; E. coli
Tags
Změněno: 26/6/2009 15:03, prof. MUDr. David Šmajs, Ph.D.
V originále
OmpA (outer membrane protein A) je proteín bunečného povrchu gramnegatívnych baktérií, tvorený dvoma doménami, transmembránovým b súdkom a globulárnou C doménou v periplazme. Predpokladá sa význam OmpA pri spojení vonkajšej membrány s peptidoglykánom. OmpA je využívaný tiež ako receptor baktériofágov a kolicínov. Interakcia s OmpA bola potvrdená u štyroch kolícínov U, Y, K a L. Ako receptor zodpovedný za primárnu interakciu sa uplatňuje iba v prípade kolicínov U a Y. U zvyšných dvoch kolicínov (K a L) ma funkciu pomocnú. Baktérie rodu Escherichia coli a Enterobacter aerogenes, líšiace sa v citlivosti ku kolicínom U, Y, K a L, syntetizujú OmpA s rozdielnou sekvenciou aminokyselín. Identifikované variabilné oblasti povrchových slučiek boli rozdelené na 11 segmentov o dĺžke 1 až 3 aminokyseliny. Tieto segmenty boli následne mutagenizované pomocou PCR. 11 párov navrhnutých primerov nieslo špecifickú mutáciu, obsahujúcu sekvenciu aminokyselín z OmpA E. aerogenes. Ako templát pri amplifikácii metódou PCR bol použitý plazmid s génom ompA z E. coli (gén kóduje len transmembránový b-súdok), pôvodne citlivým ku kolicínom. U sekvenčne správnych plazmidov bola stanovená citlivosť ku kolicínom U a Y v kmeňoch E. coli BL21. Pokles citlivosti ku kolicínu U bol zaznamenaný v prípade mutagenézy segmentov 1, 2, 3, 7, 9. Citlivosť ku kolicínu Y bola znížená mutáciami v segmentoch 1, 2, 7 a 9. Výrazný pokles citlivosti (v rozsahu 2 rádov) bol zaznamenaný u segmentov 1 a 2, pokles citlivosti u segmentov 3, 7, 9 bol v rozsahu 1 rádu, čo svedčí o rôznej intenzite interakcií. Pre segmenty 1, 2, 3, 7 a 9 bola vykonaná PCR mutagenéza obdobným spôsobom, pričom boli nahradené jednotlivé aminokyseliny v týchto segmentoch. Stanovením citlivosti ku kolicínom U a Y bol zaznamenaný pokles citlivosti u segmentov 1.1 a 2.2. Boli identifikované dve aminokyseliny podieľajúce sa na interakcii s kolicínmi U a Y, jedná sa o izoleucín I45 a glycín G48. Navyše u kolicínu U bol zaznamenaný pokles citlivosti i v segmente 7.3, ktorý predstavuje aminokyselinu serín (S129). Jednoaminokyselinové zámeny v segmentoch 3 a 9 nemali na citlivosť ku kolicínom žiadny efekt, predpokladaným dôvodom je schopnosť kompenzácie zmeny jednej aminokyseliny zvyšnými interagujúcimi aminokyselinami. Interakcia s kolicínmi prebieha na rôznych povrchových slučkách proteínu OmpA, pričom interakcie sa účastní rôznou intenzitou viacero aminokyselín.
In Czech
OmpA (outer membrane protein A) je protein buněčného povrchu gramnegativních bakterií, tvořený dvěma doménami transmembránovým b skládaným listem a globulární C-doménou v periplazmě. Předpokladá se význam OmpA při spojení vnější membrány s peptidoglykanem. OmpA je využívaný též jako receptor bakteriofágů a kolicínů. Interakcia s OmpA byla potvrzená u čtyř kolicinů U, Y, K a L.
In English
OmpA (outer membrane protein A) is an important protein of gramnegative bacteria cell envelope. It contains two domains transmembrane b-barrel and periplasmic globular C domain. It is supposed the importance of this protein in connection of outer membrane with rigid peptidoglycan layer. OmpA acts also as a receptor for many antibacterial agens bacteriophages and colicins. OmpA interacts with four colicins U, Y, K, and L. For colicins U and Y, OmpA has a major receptor function, whereas for colicin K and L, it is only a protein helping with transport. Bacteria of strains Escherichia coli and Enterobacter aerogenes differ in their sensitivity to colicins U and Y. These two strains have variability in OmpA sequence. Variable amino acids of OmpA extracellular loops were distributed into 11 segments. Every segment was built of 1 to 3 amino acids. We used PCR in mutagenesis of OmpAs segments. We proposed 11 pairs of primers. Every primers pair has a specific sequence from insensitive OmpA of E. aerogenes. By PCR mutagenesis, it was amplified a plasmid with ompA E. coli (only sequence of b-barrel), which was originally sensitive to colicins. Constructs were verifying by sequencing and the correct plasmids with targeted mutation were transformed in E. coli BL21 (lDE3ompA-). Then we provide a sensitivity of strains with mutant OmpA to colicins U and Y. The decrease of sensitivity to colicin U was observed in strains E. coli with mutation in OmpA segments 1, 2, 3, 7 and 9. By colicin Y, sensitivity was reduced in strains with mutation in segment 1, 2, 7, 9. The strong decrease of sensitivity was upon mutagenesis of segments 1 or 2 and weaker decrease of sensitivity was observed after mutation in segments 3, 7 or 9. This shows a different intensity of interaction. For identified segments 1, 2, 3, 7 and 9, PCR mutagenesis was done by analogous way, where simple amino acids were replaced. For segments 1.1 and 2.2, we observed a decrease of sensitivity. These two segments present amino acids isoleucin I45 and glycin G48. Change of one amino acid in segments 3, 7 or 9 has no effect on sensitivity to colicin. We suppose, the reason is a very small decrease of sensitivity or ability of other interacting amino acids to compensate the change of one amino acid. Colicins interact with receptor OmpA on various extracellular loops, and these interactions join several amino acids with various intensity.
Links
| MSM0021622415, plan (intention) |
|