Zavedení DNA čipu do molekulární diagnostiky Wilsonovy choroby

GOJOVÁ, Lucie, Eva JANSOVÁ, Slávka POUCHLÁ a Lenka FAJKUSOVÁ. Zavedení DNA čipu do molekulární diagnostiky Wilsonovy choroby. Časopis lékařů českých. Praha, 2009, roč. 148, č. 3, s. 137-140. ISSN 1803-6597.

Základní údaje

• Originální název: Zavedení DNA čipu do molekulární diagnostiky Wilsonovy choroby
• Název anglicky: The introduction of DNA microarray into molecular diagnostics of Wilson disease
• Autoři: GOJOVÁ, Lucie (203 Česká republika, garant), Eva JANSOVÁ (203 Česká republika), Slávka POUCHLÁ (203 Česká republika) a Lenka FAJKUSOVÁ (203 Česká republika).
• Vydání: Časopis lékařů českých, Praha, 2009, 1803-6597.

Další údaje

• Originální jazyk: čeština
• Typ výsledku: Článek v odborném periodiku
• Obor: 30200 3.2 Clinical medicine
• Stát vydavatele: Česká republika
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• Kód RIV: RIV/00216224:14310/09:00036312
• Organizační jednotka: Přírodovědecká fakulta
• Klíčová slova česky: ATP7B gen; DNA čip; APEX metoda; molekulární diagnostika; Wilsonova choroba
• Klíčová slova anglicky: ATP7B gene; APEX method; DNA microarray; molecular daignostics; Wilson disease
• Příznaky: Recenzováno

Anotace

Wilsonova choroba (WCH) je závažné, autozomálně recesivní onemocnění, jehož podstatou jsou mutace v ATP7B genu, který kóduje měď-specifickou ATPázu. U postižených jedinců dochází k poruše vylučování toxické mědi z organismu a k jejímu hromadění v tělesných orgánech. Molekulární diagnostika Wilsonovy choroby je důležitou součástí stanovení správné diagnózy. Cílem práce bylo navrhnout a zvalidovat genotypovací DNA čip, který umožňuje současně analyzovat 87 mutací a 17 polymorfismů v ATP7B genu. V první fázi validace bylo otestováno 97 WCH pacientů se známým genotypem a 46 vzorků uměle připravených mutagenezí. Všechny analyzované sekvenční varianty byly detekovány se 100% správností. V druhé fázi validace byly testovány reálné vzorky WCH suspektních pacientů. Dosud jsme zanalyzovali 58 nepříbuzných pacientů, z nichž u 10 byla čipovou analýzou potvrzena diagnóza WCH, u 13 byla nalezena jedna mutace a u 35 žádná. U pacientů s jednou nebo žádnou detekovanou mutací následovalo přímé sekvenování kódující oblasti genu ATP7B, přičemž nebyla nalezena žádná další kauzální mutace. Wilsonův čip se jeví jako rychlá a spolehlivá vyhledávací metoda mutací v ATP7B genu.

Anotace anglicky

Wilson disease (WD) is a serious autosomal recessive disorder caused by mutations in ATP7Bgene which encodes a copper-specific ATPase. WD patients suffer from impaired biliary excretion of copper from organism and its accumulation in body organs. Molecular diagnostics of WD is an important part of correct diagnosis statement. The aim of the study was to design and validate a genotyping DNA microarray which enables to analyze 87 mutations and 17 polymorphisms in ATP7B gene, simultaneously. 97 WD patients with known genotypes and 46 samples prepared by mutagenesis were tested in the first phase of chip validation. All analyzed sequence variants were detected with 100% accuracy. Samples from WD suspected patients were tested in the second phase of validation. We have analyzed 58 unrelated patients, yet. The diagnosis of WD was confirmed in 10 patients, 13 patients were heterozygous for some mutation and 35 had no mutation in ATP7B gene. Samples with one or no mutation found by microarray analysis were sequenced directly and no further causal mutation was revealed. Wilson chip seems to be a fast and reliable method for screening of mutations in ATP7B gene.

Návaznosti

• LC06023, projekt VaV: Název: Integrované bioanalytické technologie pro mikroanalýzy a diagnostiku s využitím LIF a hmotnostní spektrometrie

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Integrované bioanalytické technologie pro mikroanalýzy a diagnostiku s využitím LIF a hmotnostní spektrometrie