J 2009

Trans Hoogsteen/Sugar Edge Base Pairing in RNA. Structures, Energies, and Stabilities from Quantum Chemical Calculations

MLÁDEK, Arnošt; Purshotam SHARMA; Abhijit MITRA; Dhananjay BHATTACHARYYA; Jiří ŠPONER et al.

Základní údaje

Originální název

Trans Hoogsteen/Sugar Edge Base Pairing in RNA. Structures, Energies, and Stabilities from Quantum Chemical Calculations

Název česky

Trans Hoogsteen/Sugar Edge párování v RNA. Struktura, energie a stabilita z kavntově chemických výpočtů

Autoři

MLÁDEK, Arnošt; Purshotam SHARMA; Abhijit MITRA; Dhananjay BHATTACHARYYA; Jiří ŠPONER a Judit ŠPONER

Vydání

Journal of Physical Chemistry B, 2009, 1520-6106

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10610 Biophysics

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Impakt faktor

Impact factor: 3.471

Označené pro přenos do RIV

Ano

Kód RIV

RIV/00216224:14310/09:00036461

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

Klíčová slova anglicky

quantum chemistry; base pairing; RNA
Změněno: 23. 8. 2009 21:02, prof. RNDr. Jiří Šponer, DrSc.

Anotace

V originále

Trans Hoogsteen/sugar edge (H/SE) RNA base pairs form one of the six families of RNA base pairs that utilize the 2hydroxyl group of ribose for base pairing and play key roles in stabilizing folded RNA molecules Here, we provide a detailed quantum chemical characterization of intrinsic structures and interaction energies of this base pair family, along with the evaluation of solvent screening effects by a continuum solvent approach.

Česky

Trans Hoogsteen/sugar edge (H/SE) RNA páry bází formují jednu z 6 rodin párů RNA, která využívá 2hydroxylovou skupinu na ribóze pro párování, a hrají důležitou roli při stabilizaci zfoldovaných molekul RNA. V této práci popisujeme pomocí kvantové chemie charakteristické struktury a interakční energie této rodiny spolu s vyhodnocením stínících efektů pomocí přístupu spojitého solventu.

Návaznosti

LC06030, projekt VaV
Název: Biomolekulární centrum
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Biomolekulární centrum
MSM0021622413, záměr
Název: Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím