Balance of Attraction and Repulsion in Nucleic Acid Base Stacking: CCSD(T)/Complete Basis Set Limit Calculations on Uracil Dimer and a Comparison with the Force Field Description

MORGADO, Claudio, Petr JUREČKA, Daniel SVOZIL, Pavel HOBZA a Jiří ŠPONER. Balance of Attraction and Repulsion in Nucleic Acid Base Stacking: CCSD(T)/Complete Basis Set Limit Calculations on Uracil Dimer and a Comparison with the Force Field Description. Journal of Chemical Theory and Computation. 2009, roč. 5, č. 1, s. 1524-1544. ISSN 1549-9618.

Základní údaje

• Originální název: Balance of Attraction and Repulsion in Nucleic Acid Base Stacking: CCSD(T)/Complete Basis Set Limit Calculations on Uracil Dimer and a Comparison with the Force Field Description
• Název česky: Rovnováha přitahování a odpuzování při stackingu bází nukleových kyselin: CSSD(T)/Kompletní basis limit set výpočty dimerů uracilu a srovnání s popisem pomocí silového pole
• Autoři: MORGADO, Claudio (152 Chile), Petr JUREČKA (203 Česká republika), Daniel SVOZIL (203 Česká republika), Pavel HOBZA (203 Česká republika) a Jiří ŠPONER (203 Česká republika, garant).
• Vydání: Journal of Chemical Theory and Computation, 2009, 1549-9618.

Další údaje

• Originální jazyk: angličtina
• Typ výsledku: Článek v odborném periodiku
• Obor: 10610 Biophysics
• Stát vydavatele: Česká republika
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• Impakt faktor: Impact factor: 4.804
• Kód RIV: RIV/00216224:14310/09:00036462
• Organizační jednotka: Přírodovědecká fakulta
• UT WoS: 000266865000009
• Klíčová slova anglicky: quantum chemical calculations; nucleic acids; force field

Anotace

We have carried out reference quantum-chemical calculations for about 100 geometries of the uracil dimer in stacked conformations. The calculations have been specifically aimed at geometries with unoptimized distances between the monomers. Apart form quantum-chemical calculations we have carried out calculations based molecular mechanics, as well.

Anotace česky

Provedli jsme referenční kvantově-chemické výpočty pro 100 geometrií dimerů uracilu v stacking konformacích. Výpočty byly provedeny na geometriích s neoptimalizovanými vzdálenostmi mezi monomery. Kromě kvantově-chemických výpočtů jsme provedli výpočty i pomocí molekulové mechaniky.

Návaznosti

• LC06030, projekt VaV: Název: Biomolekulární centrum

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Biomolekulární centrum