a 2009

Prediction of localization and interactions of proteins involved in caspase-independent apoptosis

VAŘECHA, Miroslav; Daniela PÁCLOVÁ; Jiřina PROCHÁZKOVÁ; Pavel MATULA; Michal KOZUBEK et al.

Základní údaje

Originální název

Prediction of localization and interactions of proteins involved in caspase-independent apoptosis

Název česky

Predikce lokalizace a interakcí proteinů účastnících se na kazspázách nezávislé apoptózy

Autoři

VAŘECHA, Miroslav; Daniela PÁCLOVÁ; Jiřina PROCHÁZKOVÁ; Pavel MATULA ORCID a Michal KOZUBEK

Vydání

Abstract Book of 17th ECDO Euroconference, 2009

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Konferenční abstrakt

Obor

Genetika a molekulární biologie

Stát vydavatele

Francie

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Označené pro přenos do RIV

Ano

Kód RIV

RIV/00216224:14330/09:00036811

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

Klíčová slova česky

apoptóza;AIF;endonukleáza G

Klíčová slova anglicky

apoptosis;AIF;endonuclease G

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 2. 6. 2010 11:49, Mgr. Miroslav Vařecha, Ph.D.

Anotace

V originále

During apoptosis several mitochondrial proteins are released. Some of them participate in caspase-independent nuclear DNA degradation, especially apoptosis-inducing factor (AIF) and endonuclease G (endoG). Another interesting protein is AIF-homologous mitochondrion-associated inducer of death (AMID). Heat shock protein HSP70-1, cyclophilin A and possibly DNA topoisomerase II alpha are also high candidate proteins that seem to take part at least in some part of caspase-independent apoptosis connected to AIF. We studied the structure, cellular localization, and interactions of these proteins in silico and also in cells using fluorescent microscopy. Bioinformatic predictions were conducted to analyze the interactions of some of the studied proteins with possible partners. We conducted molecular modeling of proteins with unknown 3D structures. These models were then refined by MolProbity server and employed in molecular docking simulations of interactions. Our results show data acquired using a combination of modern in silico methods and image analysis to understand the localization, interactions and functions of proteins AMID, AIF, endonuclease G, HSP70-1, DNA topoisomerase II alpha and cyclophilin A in caspase-independent apoptosis.

Návaznosti

LC535, projekt VaV
Název: Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu v normě a patologii
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu v normě a patologii
MSM0021622419, záměr
Název: Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy
2B06052, projekt VaV
Název: Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů (Akronym: Biomarker)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů