Informační systém Masarykovy univerzity 

BioDiVinE: A Framework for Parallel Analysis of Biological Models

česky | in English

BARNAT, Jiří, Luboš BRIM, Ivana ČERNÁ, Sven DRAŽAN, Jana FABRIKOVÁ, Jan LÁNÍK, David ŠAFRÁNEK a Ma HONGWU. BioDiVinE: A Framework for Parallel Analysis of Biological Models. In Proceedings of 2nd International Workshop on Computational Models for Cell Processes. Neuveden: EPTCS, 2009. s. 31-45, 15 s. ISSN 2075-2180.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název BioDiVinE: A Framework for Parallel Analysis of Biological Models
Název česky BioDiVinE: Framework pro analýzu biologických modelů
Autoři BARNAT, Jiří (203 Česká republika, domácí), Luboš BRIM (203 Česká republika, domácí), Ivana ČERNÁ (203 Česká republika, domácí), Sven DRAŽAN (203 Česká republika, domácí), Jana FABRIKOVÁ (203 Česká republika, domácí), Jan LÁNÍK (203 Česká republika, domácí), David ŠAFRÁNEK (203 Česká republika, garant, domácí) a Ma HONGWU (826 Spojené království).
Vydání Neuveden, Proceedings of 2nd International Workshop on Computational Models for Cell Processes, od s. 31-45, 15 s. 2009.
Nakladatel EPTCS
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek ve sborníku
Obor Informatika
Stát vydavatele Česká republika
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
Kód RIV RIV/00216224:14330/09:00028618
Organizační jednotka Fakulta informatiky
ISSN 2075-2180
Klíčová slova anglicky model checking; multi-affine systems; dynamic systems; rectangular abstraction
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnil: prof. RNDr. Luboš Brim, CSc., učo 197. Změněno: 2. 2. 2011 09:35.
Anotace
In this paper a novel tool BioDiVinE for parallel analysis of biological models is presented. The tool allows analysis of biological models specified in terms of a set of chemical reactions. Chemical reactions are transformed into a system of multi-affine differential equations. BioDiVinE employs techniques for finite discrete abstraction of the continuous state space. At that level, parallel analysis algorithms based on model checking are provided. In the paper, the key tool features are described and their application is demonstrated by means of a case study.
Anotace česky
V článku je představen nástroj BioDiVinE pro paralelní analýzu biologických modelů. Nástroj umožňuje analýzu kvalitativních temporálních vlastností dynamiky prostřednictvím obdélníkové abstrakce. Použití je demonstrováno prostřednictvím případové studie na reálném biologickém modelu bakterie E.Coli.
Návaznosti
GA201/09/1389, projekt VaVNázev: Verifikace a analýza velmi velkých počítačových systémů
Investor: Grantová agentura ČR, Standardní projekty
GP201/09/P497, projekt VaVNázev: Automatizovaná formální verifikace s využitím soudobého hardware
Investor: Grantová agentura ČR, Postdoktorské projekty
MSM0021622419, záměrNázev: Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Výzkumné záměry
1ET408050503, projekt VaVNázev: Techniky automatické verifikace a validace softwarových a hardwarových systémů
Investor: Akademie věd ČR, Informační společnost (Národní program výzkumu)
VytisknoutZobrazeno: 23. 11. 2017 06:30

Relevantní odkazy 


Nahoru | Aktuální datum a čas: 23. 11. 2017 06:30, 47. (lichý) týden

Kontakty: istech(zavináč/atsign)fi(tečka/dot)muni(tečka/dot)cz, studijní odd., správci práv, is-technici, e-technici, IT podpora | Použití cookies | Více o Informačním systému